Side Questscourse¶
-
Podsumowanie kursu
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Side Quests to samodzielne mini-kursy szkoleniowe, które zgłębiają konkretne tematy związane z Nextflow'em.
Każdy side quest można przejść niezależnie, w dowolnej kolejności, rozwijając umiejętności w obszarach najważniejszych dla własnych projektów. Razem obejmują wszystko, czego potrzebujesz, by przejść od prostych pipeline'ów do workflow'ów gotowych na środowisko produkcyjne.
-
Dodatkowe informacje
Wymagania techniczne
Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Skonfiguruj produktywne środowisko programistyczne Nextflow'a
- Stosuj zaawansowane wzorce skryptowe do złożonych transformacji danych
- Obsługuj i propaguj metadane przez wieloetapowe workflow'y
- Dziel i grupuj kanały danych do przetwarzania równoległego i szeregowego
- Testuj workflow'y Nextflow'a przy użyciu nf-test
- Twórz złożone pipeline'y z wielokrotnie używanych, nazwanych modułów workflow'ów
- Efektywnie pracuj z plikami przy użyciu operacji na plikach w Nextflow
- Systematycznie debuguj typowe problemy z workflow'ami
- Używaj i twórz wtyczki do Nextflow'a
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten zbiór jest przeznaczony dla osób, które ukończyły kurs dla początkujących Hello Nextflow i chcą zgłębić konkretne tematy.
- Umiejętności: Zakładamy doświadczenie z linią poleceń oraz znajomość podstawowych koncepcji i narzędzi Nextflow'a.
- Kursy: Wymagane ukończenie kursu Hello Nextflow lub równoważnego.
Przeglądaj według tematu¶
Jeśli po raz pierwszy bierzesz udział w naszym szkoleniu, zacznij od strony Pierwsze kroki, gdzie znajdziesz omówienie środowiska szkoleniowego i materiałów. W przeciwnym razie możesz od razu przejść do wybranego questu.
| Side Quest | Opis | Szacowany czas |
|---|---|---|
| Narzędzia i triki dla programistów | ||
| Środowisko programistyczne | Skonfiguruj produktywne lokalne środowisko programistyczne Nextflow'a | 45 min |
| Rozwiązywanie problemów z workflow'ami | Identyfikowanie i naprawianie typowych błędów w workflow'ach | 1 godzina |
| Podstawowe wzorce skryptowe | Zaawansowane techniki skryptowe dla typowych wyzwań w workflow'ach | 90 min |
| Głębsze spojrzenie na przepływ danych | ||
| Przetwarzanie plików wejściowych | Obsługa plików, operacje na ścieżkach i organizacja wyników | 45 min |
| Metadane i mapy metadanych | Używanie map metadanych do śledzenia i propagowania informacji o próbkach | 45 min |
| Dzielenie i grupowanie | Techniki dzielenia i ponownego grupowania kanałów danych | 45 min |
| Modularna architektura w praktyce | ||
| Workflow'y złożone z workflow'ów | Tworzenie złożonych pipeline'ów z wielokrotnie używanych, nazwanych modułów | 30 min |
| Rozszerzony wszechświat Nextflow'a | ||
| Testowanie za pomocą nf-test | Pisanie i uruchamianie testów dla workflow'ów Nextflow'a | 1 godzina |
| Tworzenie wtyczek | Używanie i tworzenie wtyczek do Nextflow'a | 3 godziny |