Pierwsze kroki¶

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Uruchomienie środowiska szkoleniowego¶

Aby skorzystać z gotowego środowiska dostępnego na GitHub Codespaces, kliknij poniższy przycisk „Open in GitHub Codespaces". Inne opcje znajdziesz w sekcji Konfiguracja środowiska.

Zalecamy otwarcie środowiska szkoleniowego w nowej karcie lub oknie przeglądarki (użyj prawego przycisku myszy, ctrl+klik lub cmd+klik, w zależności od Twojego sprzętu), żebyś mógł/mogła czytać dalej, podczas gdy środowisko się ładuje. Instrukcje muszą pozostać otwarte równolegle przez cały czas pracy z kursem.

Podstawy środowiska¶

Środowisko szkoleniowe zawiera całe oprogramowanie, kod i dane niezbędne do ukończenia kursu — nie musisz niczego instalować samodzielnie.

Codespace jest skonfigurowany z interfejsem VSCode, który obejmuje eksplorator plików, edytor kodu oraz terminal z powłoką. Wszystkie instrukcje podawane w trakcie kursu (np. „otwórz plik", „edytuj kod" lub „uruchom to polecenie") odnoszą się do tych trzech elementów interfejsu VSCode, chyba że zaznaczono inaczej.

Jeśli pracujesz z tym kursem samodzielnie, zapoznaj się z podstawami środowiska, gdzie znajdziesz więcej szczegółów.

Wymagania dotyczące wersji¶

To szkolenie działa z Nextflow'em w wersji 25.10.2 lub nowszej z parserem składni v2, który jest domyślny od Nextflow'a 26.04. W naszym środowisku szkoleniowym nie musisz nic robić: działa tam Nextflow 26.04.4 z parserem v2. Jeśli korzystasz z lokalnego lub własnego środowiska, zapoznaj się z informacjami o wersjach.

nf-core/demo wymaga Nextflow'a 25.10.4 lub nowszego

Pipeline nf-core/demo używany w Części 1 wymusza własną minimalną wersję Nextflow'a (>=25.10.4), która jest bardziej restrykcyjna niż ogólne wymaganie szkolenia wynoszące 25.10.2. Nasze środowisko szkoleniowe już spełnia ten wymóg; jeśli korzystasz z lokalnego lub własnego środowiska, upewnij się, że masz Nextflow'a w wersji 25.10.4 lub nowszej.

To szkolenie wymaga dodatkowo nf-core tools w wersji 4.0.2. Korzystanie z innej wersji narzędzi nf-core może utrudnić śledzenie materiału.

Zainstalowaną wersję możesz sprawdzić poleceniem nf-core --version.

Zgodność z parserem v2

Wiele pipeline'ów nf-core nie obsługuje jeszcze parsera składni v2. Jeśli uruchomisz pipeline nf-core inny niż te używane w tym kursie i napotkasz błędy, może być konieczne przełączenie się na parser v1 poprzez ustawienie export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Szczegóły znajdziesz w informacjach o wersjach.

Przygotowanie do pracy¶

Gdy Twój codespace jest już uruchomiony, przed rozpoczęciem szkolenia musisz wykonać dwie czynności: ustawić katalog roboczy dla tego konkretnego kursu oraz zapoznać się z dostarczonymi materiałami.

Ustawienie katalogu roboczego¶

Domyślnie codespace otwiera się z katalogiem roboczym ustawionym w katalogu głównym wszystkich kursów szkoleniowych, jednak w tym kursie będziemy pracować w katalogu nfcore-use/.

Zmień katalog, uruchamiając w terminalu następujące polecenie:

cd nfcore-use/

Wskazówka

Jeśli z jakiegoś powodu opuścisz ten katalog (np. Twój codespace przejdzie w tryb uśpienia), zawsze możesz użyć pełnej ścieżki, aby do niego wrócić — zakładając, że pracujesz w środowisku szkoleniowym GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/nfcore-use

Następnie zapoznaj się z zawartością tego katalogu.

Zapoznanie się z dostarczonymi materiałami¶

Zawartość katalogu możesz przeglądać za pomocą eksploratora plików po lewej stronie obszaru roboczego. Alternatywnie możesz użyć polecenia tree.

tree .

Zawartość katalogu

.
├── custom.config
├── laptop.config
├── malformed_samplesheet.csv
└── my_params.yml

Plik laptop.config to plik konfiguracyjny, którego użyjemy w sekcji 4, aby ograniczyć zużycie zasobów podczas lokalnego uruchamiania pipeline'u w skali produkcyjnej. Na razie możesz go zignorować.
Pliki my_params.yml, malformed_samplesheet.csv i custom.config są używane w Części 2 do zademonstrowania ustawiania parametrów z pliku, walidacji danych wejściowych oraz nadpisywania konfiguracji na poziomie procesu. Możesz je również zignorować do tego momentu.

Lista kontrolna gotowości¶

Myślisz, że jesteś gotowy/gotowa do działania?

Rozumiem cel tego kursu i jego wymagania wstępne
Moje środowisko jest uruchomione i działa
Korzystam z nf-core tools w wersji 4.0.2 (sprawdź poleceniem nf-core --version)
Ustawiłem/ustawiłam odpowiedni katalog roboczy

Jeśli możesz zaznaczyć wszystkie pola, możesz zaczynać.

Aby przejść do Części 1, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.