Configure Executioncourse¶
-
Podsumowanie kursu
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Configure Execution to praktyczne wprowadzenie do dostosowywania wykonania pipeline'ów Nextflow do różnych środowisk obliczeniowych.
Pracując nad ćwiczeniami zorientowanymi na konkretne cele, nauczysz się przełączać technologie pakowania oprogramowania, wybierać platformę wykonawczą, kontrolować przydział zasobów obliczeniowych i ponawianie zadań, a także grupować konfigurację w przełączalne profile.
Po ukończeniu kursu będziesz mieć umiejętności i pewność siebie, by konfigurować wykonanie pipeline'ów Nextflow jak profesjonalista.
-
Dodatkowe informacje
Wymagania techniczne
Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Przełączanie technologii pakowania oprogramowania między Docker a Conda
- Wybór platformy wykonawczej i zrozumienie, jak Nextflow dostosowuje wykonanie zadań do jej specyfiki
- Kontrolowanie przydziału zasobów obliczeniowych i automatyczne ponawianie zadań zakończonych niepowodzeniem
- Definiowanie i łączenie profili w celu przełączania między gotowymi konfiguracjami
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten kurs jest przeznaczony dla osób, które już wiedzą, jak uruchamiać lokalne pipeline'y Nextflow i chcą głębiej poznać konfigurację wykonania.
- Umiejętności: Zakładana jest podstawowa znajomość wiersza poleceń.
- Kursy: Wymagane ukończenie kursu Nextflow Run lub równoważna znajomość uruchamiania lokalnego pipeline'u przy użyciu
nextflow run.
Przegląd kursu¶
Ten kurs ma charakter praktyczny i opiera się na umiejętnościach zdobytych w ramach kursu Nextflow Run.
Weźmiesz ten sam wieloetapowy pipeline z tamtego kursu i będziesz stopniowo dostosowywać jego konfigurację do różnych środowisk obliczeniowych, a następnie zgrupujesz wszystko w profile, między którymi możesz przełączać się w czasie wykonania.
Plan zajęć¶
| Rozdział kursu | Opis | Szacowany czas |
|---|---|---|
| Część 1: Dostosowanie do środowiska obliczeniowego | Przełączanie technologii pakowania oprogramowania i wybór platformy wykonawczej | 20 min |
| Część 2: Zarządzanie zasobami obliczeniowymi i błędami | Kontrolowanie przydziału zasobów i automatyczne ponawianie zadań zakończonych niepowodzeniem | 15 min |
| Część 3: Używanie profili do przełączania konfiguracji | Definiowanie i łączenie profili oraz inspekcja w pełni rozwiązanej konfiguracji | 15 min |
Po ukończeniu tego kursu będziesz swobodnie konfigurować pipeline'y Nextflow dla różnych środowisk obliczeniowych i przełączać się między nimi bez zbędnych komplikacji.
Gotowy, żeby zacząć?