Pierwsze kroki¶

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Uruchomienie środowiska szkoleniowego¶

Aby skorzystać z gotowego środowiska dostępnego na GitHub Codespaces, kliknij przycisk „Open in GitHub Codespaces" poniżej. Inne opcje znajdziesz w sekcji Opcje środowiska.

Zalecamy otwarcie środowiska szkoleniowego w nowej karcie lub oknie przeglądarki (użyj prawego przycisku myszy, ctrl+klik lub cmd+klik, w zależności od Twojego sprzętu), żebyś mógł czytać dalej, podczas gdy środowisko się ładuje. Podczas pracy z kursem trzymaj te instrukcje otwarte równolegle.

Podstawy środowiska¶

Środowisko szkoleniowe zawiera całe oprogramowanie, kod i dane potrzebne do ukończenia kursu — nie musisz niczego instalować samodzielnie.

Codespace jest skonfigurowany z interfejsem VSCode, który obejmuje eksplorator plików, edytor kodu oraz terminal powłoki. Wszystkie instrukcje podawane w trakcie kursu (np. „otwórz plik", „edytuj kod" lub „uruchom to polecenie") odnoszą się do tych trzech elementów interfejsu VSCode, chyba że zaznaczono inaczej.

Jeśli pracujesz z tym kursem samodzielnie, zapoznaj się z podstawami środowiska, gdzie znajdziesz więcej szczegółów.

Wymagania dotyczące wersji¶

Ten kurs wymaga Nextflow'a w wersji 25.10.2 lub nowszej, z włączonym parserem składni v2 (domyślnym od wersji 25.10+). Jeśli korzystasz z lokalnego lub niestandardowego środowiska, upewnij się, że używasz właściwych ustawień opisanych tutaj.

Przygotowanie do pracy¶

Gdy Twój codespace jest już uruchomiony, przed rozpoczęciem pracy należy zrobić dwie rzeczy: ustawić katalog roboczy i zapoznać się z dostarczonymi materiałami.

Ustawienie katalogu roboczego¶

Domyślnie codespace otwiera się w katalogu głównym wszystkich kursów szkoleniowych. Na potrzeby tego kursu przejdź do katalogu config-exec/:

cd config-exec/

Następnie skieruj VSCode na ten katalog, żeby w pasku bocznym eksploratora plików wyświetlały się tylko odpowiednie pliki:

code .

Wskazówka

Jeśli z jakiegoś powodu opuścisz ten katalog (np. Twój codespace przejdzie w tryb uśpienia), zawsze możesz użyć pełnej ścieżki, aby do niego wrócić — zakładając, że pracujesz w środowisku szkoleniowym GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/config-exec

Zapoznanie się z dostarczonymi materiałami¶

Materiały kursu możesz przeglądać za pomocą eksploratora plików po lewej stronie lub polecenia tree. Uruchom poniższe polecenie w terminalu, aby zobaczyć pełną strukturę:

tree . -L 2

Zawartość katalogu

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

Pliki main.nf i modules/ to ten sam wieloetapowy pipeline co w Nextflow Run, a plik nextflow.config to ta sama konfiguracja, którą już tam widziałeś. W trakcie ćwiczeń rozszerzysz oba.

Katalog data/ zawiera plik wejściowy CSV, z którego korzysta pipeline.

Lista kontrolna gotowości¶

Myślisz, że jesteś gotowy, żeby zacząć?

Rozumiem cel tego kursu i jego wymagania wstępne
Moje środowisko jest uruchomione i działa
Ustawiłem odpowiedni katalog roboczy

Jeśli możesz zaznaczyć wszystkie pola, możesz śmiało ruszać dalej.

Aby przejść do Części 1: Dostosowanie do środowiska obliczeniowego, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.