Skalowanie z Seqeracourse¶

Podsumowanie kursu

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Skalowanie z Seqera to praktyczne wprowadzenie do uruchamiania i monitorowania pipeline'ów Nextflow przy użyciu Seqera Platform.

Pracując na konkretnych przykładach, skonfigurujesz dostęp do Seqera Platform, uruchomisz pipeline produkcyjny zarówno z poziomu interfejsu webowego, jak i wiersza poleceń, a także dodasz nowy pipeline do swojej przestrzeni roboczej.

Po ukończeniu kursu będziesz mieć umiejętności i pewność siebie potrzebne do samodzielnego uruchamiania i monitorowania pipeline'ów na Seqera Platform.
Dodatkowe informacje

Wymagania techniczne

Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Zarejestruj się na Seqera Platform i poznaj Community Showcase
- Dodaj pipeline do przestrzeni roboczej i uruchom go z poziomu interfejsu webowego
- Uwierzytelnij się i uruchamiaj pipeline'y z wiersza poleceń przy użyciu tw CLI
- Zarejestruj pipeline hostowany na GitHub i uruchom go obydwoma sposobami
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten kurs jest przeznaczony dla osób, które chcą uruchamiać pipeline'y Nextflow na dużą skalę przy użyciu Seqera Platform.
- Umiejętności: Zakładamy znajomość uruchamiania pipeline'ów nf-core z wiersza poleceń.
- Kursy: Wymagane ukończenie Nextflow Run i Use nf-core lub równoważne doświadczenie w uruchamianiu lokalnych pipeline'ów oraz pipeline'u nf-core/rnaseq.

Przegląd kursu¶

Kurs ma charakter praktyczny i opiera się na pipeline'ach, które uruchamiałeś/uruchamiałaś w ramach Use nf-core.

Zaczniesz od rejestracji na Seqera Platform i uruchomienia nf-core/rnaseq — pipeline'u produkcyjnego — z poziomu interfejsu webowego. Następnie przejdziesz do narzędzia wiersza poleceń tw, aby zrobić to samo z terminala, a na koniec zarejestrujesz nowy pipeline, nf-core/demo, i uruchomisz go obydwoma sposobami.

Plan kursu¶

Rozdział kursu	Opis	Szacowany czas
Część 1: Uruchamianie pipeline'ów z interfejsu webowego	Skonfiguruj dostęp do Seqera Platform i uruchom pipeline produkcyjny z poziomu interfejsu webowego	20 min
Część 2: Uruchamianie pipeline'ów z wiersza poleceń	Uwierzytelnij `tw` CLI, uruchom zapisany pipeline i zarejestruj nowy pipeline z poziomu wiersza poleceń	25 min

Po ukończeniu kursu będziesz swobodnie uruchamiać i monitorować pipeline'y Nextflow na Seqera Platform — niezależnie od tego, czy wolisz pracować z interfejsu webowego, czy z wiersza poleceń.

Gotowy/Gotowa, żeby zacząć?

Rozpocznij naukę