Część 1: Uruchamianie pipeline'ów z interfejsu webowego¶

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

W tej części kursu Scale with Seqera skonfigurujesz dostęp do Seqera Platform i uruchomisz pipeline produkcyjny z interfejsu webowego.

Upewnij się, że Twój katalog roboczy jest ustawiony na seqera-scale/, zgodnie z instrukcjami na stronie Pierwsze kroki.

1. Pierwsze kroki z Seqera¶

Seqera oferuje kompleksową platformę do uruchamiania, monitorowania i zarządzania pipeline'ami Nextflow. Ta sekcja przeprowadzi Cię przez proces rejestracji i zapoznania się z platformą przed uruchomieniem pierwszego pipeline'u.

1.1. Załóż darmowe konto¶

Przejdź na stronę cloud.seqera.io i utwórz darmowe konto. Możesz się zarejestrować przy użyciu adresu e-mail, konta GitHub lub Google.

Darmowe konto daje Ci dostęp do:

Osobistego workspace'u: własnej przestrzeni do dodawania pipeline'ów, konfigurowania środowisk obliczeniowych i zarządzania uruchomieniami
Community Showcase: starannie dobranej kolekcji pipeline'ów nf-core i społecznościowych, ze wstępnie skonfigurowanymi ustawieniami i przykładowymi danymi

Pełny przegląd poziomów kont i dostępnych funkcji znajdziesz w dokumentacji Seqera.

1.2. Poznaj Community Showcase¶

Zanim uruchomisz własne pipeline'y, poświęć chwilę na zapoznanie się z Community Showcase. Daje ono realistyczny podgląd tego, jak wygląda platforma z prawdziwymi pipeline'ami i danymi.

Zaloguj się na cloud.seqera.io.
Na lewym pasku bocznym kliknij Showcase.
Przejrzyj dostępne pipeline'y — rozpoznasz kilka pipeline'ów nf-core z kursu Use nf-core.
Kliknij wybrany pipeline, aby zobaczyć jego konfigurację i ustawienia uruchomienia.
Kliknij Runs, aby przeglądać przykładowe historię uruchomień, w tym szczegóły na poziomie zadań i raporty z poprzednich wykonań.

Jest to widok tylko do odczytu, ale pozwala zapoznać się z interfejsem przed samodzielnym uruchomieniem czegokolwiek.

1.3. Uzyskaj dostęp do workspace'u z zasobami obliczeniowymi¶

Uruchamianie pipeline'ów wymaga workspace'u ze skonfigurowanym środowiskiem obliczeniowym.

Seqera obsługuje dwa sposoby zapewnienia zasobów obliczeniowych:

Podłączenie własnej infrastruktury: AWS, Azure, Google Cloud oraz planisty HPC (SLURM, LSF, PBS i inne). Przewodniki konfiguracji znajdziesz w dokumentacji środowisk obliczeniowych.
Seqera Compute: zarządzana usługa oferująca wstępnie skonfigurowane środowiska obliczeniowe na AWS, odpłatnie, bez konieczności konfigurowania własnego konta w chmurze. Możesz ją aktywować bezpośrednio z ustawień workspace'u.

Szkolenie grupowe: Jeśli uczestniczysz w grupowej sesji szkoleniowej, możliwe, że zostałeś(-aś) dodany(-a) do organizacji i workspace'u z już skonfigurowanymi zasobami obliczeniowymi. Prowadzący poda Ci nazwę organizacji, workspace'u i wszelkie inne potrzebne informacje.

Praca samodzielna: Jeśli realizujesz to szkolenie we własnym zakresie, musisz skonfigurować środowisko obliczeniowe w swoim osobistym workspace'ie, korzystając z jednej z powyższych opcji. Darmowe kredyty na wypróbowanie Seqera Compute są dostępne na życzenie.

Uwaga

Dalsza część kursu zakłada, że masz dostęp do workspace'u ze skonfigurowanym środowiskiem obliczeniowym. Jeśli uczestniczysz w grupowej sesji szkoleniowej, prowadzący potwierdzi, którego workspace'u i środowiska obliczeniowego należy używać.

Podsumowanie¶

Masz konto Seqera, zapoznałeś(-aś) się z Community Showcase i masz dostęp do workspace'u z zasobami obliczeniowymi.

Co dalej?¶

Uruchom pipeline RNA-seq w skali produkcyjnej z interfejsu webowego Seqera Cloud.

2. Uruchamianie nf-core/rnaseq z interfejsu webowego¶

Jak omówiono w kursie Use nf-core, pipeline nf-core/rnaseq to opracowany przez społeczność pipeline do analizy danych z sekwencjonowania RNA (bulk RNA-seq).

W tej sekcji dodasz pipeline do swojego workspace'u, uruchomisz go i będziesz monitorować jego wykonanie.

2.1. Dodaj pipeline do workspace'u¶

Wygodnie, nf-core/rnaseq jest częścią starannie dobranej kolekcji pipeline'ów, które można dodać do workspace'u kilkoma kliknięciami za pośrednictwem usługi Seqera Pipelines.

Pokażemy Ci, jak dodawać własne pipeline'y w dalszej części kursu.

Przejdź do Seqera Pipelines, aby przeglądać kolekcję społecznościową.
Wyszukaj rnaseq i wybierz nf-core/rnaseq.
Kliknij Launch Pipeline lub przewiń na dół strony do sekcji Launch Pipeline.
Upewnij się, że jesteś zalogowany(-a), i wybierz odpowiednie wartości z menu rozwijanych Organizations, Workspace i Compute Environment. Wskazówka dla grup: Jeśli korzystasz ze współdzielonego workspace'u, dodaj unikalny identyfikator (np. swoją nazwę użytkownika) do nazwy pipeline'u.
Kliknij Add pipeline to your Seqera account.

Pojawi się okno z komunikatem: Pipeline added: View Pipeline. Kliknięcie linku przeniesie Cię do wpisu pipeline'u w Twoim launchpadzie.

Pipeline jest teraz widoczny w panelu Launchpad Twojego workspace'u i gotowy do uruchomienia.

2.2. Uruchom pipeline¶

Kliknij przycisk Launch przy pipeline'ie — w panelu Launchpad lub na stronie szczegółów pipeline'u. Otworzy się interfejs konfiguracji.

Pipeline jest już skonfigurowany z profilem test, więc dane wejściowe, katalog wyjściowy i referencja genomu są wstępnie wypełnione. Na razie możesz zignorować pozostałe parametry i ustawienia zaawansowane.

Kliknij niebieski przycisk Launch, aby faktycznie rozpocząć uruchomienie.

2.3. Monitoruj wykonanie¶

Po uruchomieniu zostaniesz przeniesiony(-a) do panelu Runs Twojego pipeline'u.

Widok uruchomienia pokazuje:

Status: aktualny stan uruchomienia (submitted, running, succeeded, failed)
Command line: dokładne polecenie nextflow run, które platforma skonstruowała i wysłała
Parameters: wszystkie wartości parametrów użyte w tym uruchomieniu
Tasks: tabelę wszystkich wywołań procesów ze statusem, czasem trwania i zużyciem zasobów

Kliknij dowolny wiersz zadania, aby sprawdzić szczegóły jego wykonania, w tym:

Skrypt .command.sh, który został uruchomiony
Logi stdout i stderr
Metryki CPU, pamięci i I/O

Zakładka Reports wyświetli raport MultiQC po zakończeniu uruchomienia, agregując metryki kontroli jakości dla wszystkich próbek.

Wykonanie zajmie trochę czasu, więc na razie przejdziemy dalej i wrócimy później, żeby przyjrzeć się wynikom.

Podsumowanie¶

Wiesz już, jak dodać pipeline do workspace'u Seqera, skonfigurować i uruchomić go oraz monitorować wykonanie na dużą skalę.

Co dalej?¶

Przejdź do Części 2, gdzie nauczysz się robić to wszystko z wiersza poleceń przy użyciu tw CLI.

Podsumowanie¶

W tej części nauczyłeś(-aś) się:

Zakładać konto Seqera i poznawać Community Showcase
Dodawać pipeline z katalogu, uruchamiać go w skali produkcyjnej i monitorować wykonanie