Podsumowanie kursu¶

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Gratulacje ukończenia kursu Use nf-core! 🎉

Twoja droga¶

Zacząłeś od znalezienia i pobrania pipeline'u nf-core/demo, a następnie nauczyłeś się go uruchamiać przy użyciu profilu testowego i analizować jego wyniki. Potem skonfigurowałeś jego działanie za pomocą parametrów pipeline'u i plików konfiguracyjnych, a także zobaczyłeś, jak pipeline'y nf-core walidują parametry i dane wejściowe. Na koniec zastosowałeś te same umiejętności do nf-core/rnaseq — pipeline'u produkcyjnego — i nauczyłeś się nadpisywać domyślne przydziały zasobów, aby dopasować je do dostępnego sprzętu.

Czego się nauczyłeś¶

Potrafisz już znajdować, pobierać, uruchamiać i konfigurować pipeline'y nf-core.

Pipeline'y nf-core pobiera się poleceniem nextflow pull; mają one standardową organizację kodu.
Każdy pipeline nf-core jest dostarczany z profilem test do szybkiej walidacji na małym zbiorze danych.
Parametry pipeline'u (ustawiane przez --param_name lub -params-file) i konfiguracja (ustawiana przez -c) służą różnym celom: pierwsze dotyczą danych wejściowych i opcji analizy, druga — logistyki wykonania, takiej jak przydział zasobów.
Pipeline'y nf-core automatycznie walidują parametry i pliki wejściowe, wychwytując błędy zanim zostanie wykonana jakakolwiek praca.
Domyślne zasoby są przypisywane przez etykiety (process_low, process_medium, process_high) zdefiniowane w conf/base.config, które można nadpisać własnym plikiem konfiguracyjnym.

Zdobyte umiejętności¶

W trakcie tego praktycznego kursu nauczyłeś się:

Znajdować pipeline nf-core na stronie nf-co.re i pobierać jego kod źródłowy
Uruchamiać pipeline przy użyciu wbudowanego profilu testowego i analizować jego wyniki
Korzystać z pomocy, ustawiać parametry oraz rozumieć walidację parametrów i danych wejściowych
Dostosowywać przydział zasobów i argumenty narzędzi za pomocą plików konfiguracyjnych
Pobierać i uruchamiać pipeline produkcyjny oraz nadpisywać jego domyślne etykiety zasobów

Masz teraz solidne podstawy, by zacząć uruchamiać pipeline'y nf-core we własnych analizach.

Kolejne kroki¶

Oto nasze najważniejsze sugestie dotyczące dalszego rozwoju:

Uruchamiaj te pipeline'y na dużą skalę i monitoruj je dzięki Scale with Seqera
Nie tylko uruchamiaj pipeline'y nf-core — twórz je! Poznaj najlepsze praktyki nf-core dzięki Build with nf-core
Dopiero zaczynasz z Nextflow? Zacznij od Nextflow Run
Zastosuj Nextflow w naukowym przypadku użycia dzięki Nextflow for Science
Odkryj bardziej zaawansowane funkcje Nextflow w Side Quests

Pomoc¶

Zasoby pomocowe i wsparcie społeczności znajdziesz na stronie pomocy.

Ankieta¶

Zanim przejdziesz dalej, poświęć chwilę na wypełnienie ankiety dotyczącej kursu! Twoja opinia pomaga nam ulepszać materiały szkoleniowe dla wszystkich.

Wypełnij ankietę