Nextflow Runcourse¶
-
Podsumowanie kursu
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Nextflow Run to praktyczne wprowadzenie do uruchamiania odtwarzalnych i skalowalnych workflow'ów analizy danych.
Pracując przez serię ćwiczeń zorientowanych na cele, poznasz podstawy uruchamiania pipeline'ów Nextflow i zarządzania nimi, zrozumiesz, jak kanały i operatory umożliwiają równoległe przetwarzanie wielu wejść, oraz nauczysz się używać kontenerów do zarządzania zależnościami oprogramowania.
Zdobędziesz umiejętności i pewność siebie, aby rozpocząć uruchamianie workflow'ów z Nextflow'em.
-
Dodatkowe informacje
Wymagania techniczne
Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Uruchamianie pipeline'ów Nextflow z wiersza poleceń i zarządzanie nimi
- Zrozumienie, w jaki sposób kanały i operatory umożliwiają wydajne workflow'y z wieloma wejściami i wieloma krokami
- Używanie kontenerów do zarządzania zależnościami oprogramowania i zapewnienia odtwarzalności
- Konfigurowanie wykonywania pipeline'u i jego wyników
- Generowanie raportów wykonania, przeglądanie historii poprzednich uruchomień i czyszczenie starych katalogów roboczych
- Uruchamianie pipeline'ów bezpośrednio ze zdalnych repozytoriów, takich jak GitHub
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten kurs jest przeznaczony dla osób, które są całkowicie nowe w Nextflow i chcą uruchamiać istniejące pipeline'y.
- Umiejętności: Zakładana jest pewna znajomość wiersza poleceń, podstawowych koncepcji skryptowania i popularnych formatów plików.
- Dziedzina: Wszystkie ćwiczenia są niezależne od dziedziny, więc nie jest wymagana wcześniejsza wiedza naukowa.
Przegląd kursu¶
Ten kurs jest praktyczny, z ćwiczeniami zorientowanymi na cele, zaprojektowanymi tak, aby stopniowo wprowadzać informacje.
Wykonasz kilka wariantów pipeline'u Nextflow przetwarzającego tekstowe dane wejściowe — zaczniesz od prostej wersji składającej się z jednego kroku, a następnie przejdziesz do wieloetapowej implementacji pobierającej plik CSV z danymi wejściowymi, wykonującej kilka kroków transformacji i generującej pojedynczy plik tekstowy zawierający grafikę ASCII wygenerowaną przez narzędzie uruchomione w kontenerze.
Ten kurs koncentruje się na uruchamianiu pipeline'ów (nazwany od podstawowego polecenia nextflow run).
Jeśli szukasz wprowadzenia do tworzenia pipeline'ów Nextflow, zobacz Hello Nextflow.
Uwaga
Szukasz poprzedniej wersji tego kursu? Została zastąpiona przez wersję na tej stronie, ale nadal można ją przeglądać w wydaniu 3.6.1 serwisu szkoleniowego.
Plan lekcji¶
| Rozdział kursu | Podsumowanie | Szacowany czas |
|---|---|---|
| Część 1: Uruchamianie Nextflow'a | Uruchamianie pipeline'ów Nextflow i zarządzanie nimi oraz zrozumienie podstawowych mechanizmów workflow'u | 25 min |
| Część 2: Konfiguracja pipeline'u | Konfigurowanie wykonywania pipeline'u i jego wyników przy użyciu nextflow.config |
20 min |
| Część 3: Zarządzanie uruchomieniami workflow'u | Generowanie raportów wykonania, przeglądanie historii poprzednich uruchomień i czyszczenie starych katalogów roboczych | 10 min |
| Część 4: Uruchamianie zdalnych pipeline'ów | Uruchamianie pipeline'u bezpośrednio z GitHub i przypinanie go do konkretnej wersji | 10 min |
Pod koniec tego kursu będziesz dobrze przygotowany do podjęcia kolejnych kroków na swojej drodze ku uruchamianiu odtwarzalnych workflow'ów dla potrzeb obliczeń naukowych.
Gotowy do rozpoczęcia kursu?