Użyj nf-corecourse¶
-
Podsumowanie kursu
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Use nf-core to praktyczne wprowadzenie do znajdowania, uruchamiania i konfigurowania pipeline'ów społeczności nf-core.
Pracując na praktycznych przykładach i wykonując ćwiczenia, nauczysz się znajdować i pobierać pipeline'y nf-core, uruchamiać je przy użyciu wbudowanych profili testowych oraz dostosowywać ich działanie za pomocą parametrów i plików konfiguracyjnych.
Zdobędziesz umiejętności i pewność siebie potrzebne do uruchamiania pipeline'ów nf-core we własnych analizach.
-
Dodatkowe informacje
Wymagania techniczne
Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Znajdź, pobierz i uruchom pipeline'y społeczności nf-core
- Skonfiguruj wykonanie pipeline'u przy użyciu parametrów i plików konfiguracyjnych
- Zrozum, jak pipeline'y nf-core walidują parametry i dane wejściowe
- Uruchom pipeline produkcyjny (nf-core/rnaseq) i nadpisz jego domyślne przydziały zasobów
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten kurs jest przeznaczony dla osób, które już wiedzą, jak uruchamiać lokalne pipeline'y Nextflow'a, są nowe w nf-core i chcą korzystać z istniejących pipeline'ów społeczności.
- Umiejętności: Zakładamy pewną znajomość wiersza poleceń, podstawowych koncepcji skryptowania i popularnych formatów plików.
- Kursy: Wymagane ukończenie kursu Nextflow Run lub posiadanie swobody w uruchamianiu lokalnego pipeline'u przy użyciu
nextflow run. - Dziedzina: Ćwiczenia wykorzystują pipeline'y bioinformatyczne, ale wcześniejsza wiedza z zakresu nauk przyrodniczych nie jest wymagana.
Przegląd kursu¶
Kurs ma charakter praktyczny — ćwiczenia są zorientowane na cel i stopniowo wprowadzają kolejne zagadnienia.
Zaczniesz od nf-core/demo, minimalnego pipeline'u utrzymywanego przez projekt nf-core na potrzeby szkoleniowe, a następnie zastosujesz zdobytą wiedzę w pracy z nf-core/rnaseq — szeroko stosowanym pipeline'em produkcyjnym do analizy sekwencjonowania RNA.
Kurs skupia się na uruchamianiu pipeline'ów. Jeśli szukasz wprowadzenia do tworzenia pipeline'ów zgodnych z nf-core, zajrzyj do Build with nf-core.
Plan kursu¶
| Rozdział kursu | Opis | Szacowany czas |
|---|---|---|
| Część 1: Uruchom przykładowy pipeline | Znajdź i pobierz pipeline nf-core, a następnie uruchom go przy użyciu profilu testowego | 20 min |
| Część 2: Skonfiguruj wykonanie pipeline'u | Ustaw parametry, poznaj walidację oraz dostosuj przydział zasobów i argumenty narzędzi | 20 min |
| Część 3: Uruchom pipeline produkcyjny | Pobierz i uruchom nf-core/rnaseq, a następnie nadpisz jego domyślne przydziały zasobów | 20 min |
Po ukończeniu kursu będziesz potrafić korzystać z bogatej oferty pipeline'ów społeczności projektu nf-core.
Gotowy, żeby zacząć?