Nextflow Training¶
-
Selbstlernkurse
Willkommen im Nextflow Community Training Portal!
Arbeite die Kurse unten in deinem eigenen Tempo durch – in unserer webbasierten Umgebung oder in deiner eigenen. Jeder Kurs ist praxisorientiert, mit zielgerichteten Übungen, die du eigenständig absolvieren kannst.
-
Training Events
Suchst du etwas über Selbstlernkurse hinaus?
Finde strukturierte Training Events, Anleitungen für eigene Trainings sowie unsere Open-Source-Lizenz und Beitragsrichtlinien.
KI-gestützte Übersetzung
Diese Übersetzung wurde mit künstlicher Intelligenz erstellt und von menschlichen Übersetzern überprüft. Wir freuen uns über Feedback und Verbesserungsvorschläge. Weitere Informationen findest du in unserer Übersetzungsanleitung.
Catalog of Nextflow training courses¶
-
Für Anwender*innen
Pipelines ausführen¶
Lerne, bestehende Pipelines auszuführen, ohne Code schreiben zu müssen.
Nextflow Run: Pipelines mit Nextflow ausführen
Eine kompakte Einführung in das Ausführen von Nextflow-Pipelines – ohne Programmierkenntnisse. Themen: Pipelines starten, Ergebnisse abrufen, Container verwenden und die Ausführung grundlegend konfigurieren.
Use nf-core: Community-Pipelines finden und ausführen
Eine kompakte Einführung in das Finden, Ausführen und Konfigurieren von Pipelines aus dem nf-core Community-Projekt – beginnend mit einer minimalen Demo-Pipeline bis hin zu einer produktionsreifen Analyse-Pipeline.
Scale with Seqera: Pipelines skaliert starten und überwachen
Eine praxisorientierte Einführung in das Starten und Überwachen von Nextflow-Pipelines mit der Seqera Platform – sowohl über die Weboberfläche als auch über die Kommandozeile.
Ausführung verwalten¶
Lerne, Pipeline-Ausführungen effektiv zu verwalten.
Configure Execution: Ressourcen, Wiederholungen und Ausführungsprofile konfigurieren
Eine praxisorientierte Einführung in die Konfiguration von Nextflow-Pipelines: Anpassung an verschiedene Rechenumgebungen, Steuerung von Ressourcenzuweisungen und Wiederholungen sowie Wechsel zwischen vordefinierten Konfigurationsprofilen.
Weitere Themen folgen
Performance-Tuning, HPC/Cloud-Ausführung und mehr sind für diesen Bereich geplant. Stimme ab, was als nächstes behandelt werden soll, in unserer kurzen Umfrage.
-
Für Entwickler*innen
Pipelines schreiben¶
Lerne, eigene Nextflow-Pipelines zu entwickeln.
Hello Nextflow: Eigene Pipelines von Grund auf entwickeln
Dieser Kurs behandelt die Kernkomponenten der Nextflow-Sprache in ausreichender Tiefe, um einfache, aber vollständig funktionsfähige Pipelines zu entwickeln – plus wichtige Aspekte des Pipeline-Designs, der Entwicklung und der Konfiguration.
Build with nf-core: nf-core-Tools und -Regeln verwenden
Für Nextflow-Entwickler*innen, die lernen möchten, nf-core-konforme Pipelines zu entwickeln. Der Kurs behandelt die Struktur von nf-core-Pipelines in ausreichender Tiefe, um einfache, aber vollständig funktionsfähige Pipelines zu entwickeln, die das nf-core-Template und Best Practices nutzen – einschließlich der Verwendung bestehender nf-core-Module.
Side Quests: Fortgeschrittene Nextflow-Themen vertiefen
Eine Sammlung eigenständiger Mini-Kurse für Nextflow-Entwickler*innen, die ihr Wissen erweitern und/oder ihre Kenntnisse zu bestimmten Themen vertiefen möchten. Sie sind linear aufgebaut, können aber in beliebiger Reihenfolge absolviert werden (siehe Abhängigkeiten in der jeweiligen Mini-Kurs-Übersicht).
Nextflow für die Wissenschaft¶
Lerne, Nextflow-Pipelines für spezifische wissenschaftliche Anwendungen zu entwickeln.
Genomics: Eine Variant-Calling-Pipeline entwickeln
Ein Kurs für Forscher*innen, die lernen möchten, eigene Genomik-Pipelines zu entwickeln – anhand eines Variant-Calling-Anwendungsfalls werden wesentliche Nextflow-Entwicklungsmuster demonstriert.
RNAseq: Eine Bulk-RNAseq-Verarbeitungs-Pipeline entwickeln
Ein Kurs für Forscher*innen, die lernen möchten, eigene RNAseq-Pipelines zu entwickeln – anhand eines Bulk-RNAseq-Verarbeitungsanwendungsfalls werden wesentliche Nextflow-Entwicklungsmuster demonstriert.
Bioimaging: Imaging-Pipelines ausführen und konfigurieren
Ein Kurs für Forscher*innen, die lernen möchten, Bioimaging-Pipelines auszuführen und zu konfigurieren – anhand von nf-core/molkart werden wesentliche Nextflow-Nutzungsmuster demonstriert.
Setup & Hilfe¶
-
Training-Umgebung
Optionen zum Einrichten deiner Umgebung für die Nextflow-Trainings.
-
Nextflow-Versionen
Die Entwicklung der Nextflow-Syntaxversionen verstehen und verwalten.
-
Die Hello-Pipeline
Überblick darüber, was die Hello-Pipeline macht und wie sie aufgebaut ist.
-
Hilfe erhalten
Hilfreiche Ressourcen, wenn du ein Problem mit dem Nextflow-Training hast.