Side Questscourse¶
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Kursübersicht
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Side Quests sind eigenständige Mini-Kurse, die tiefer in spezifische Nextflow-Themen eintauchen.
Jede Side Quest kann unabhängig und in beliebiger Reihenfolge absolviert werden – je nach deinen Interessen und Bedürfnissen. Zusammen decken sie die Fähigkeiten ab, die du brauchst, um von einfachen Pipelines zu produktionsreifen Workflows zu gelangen.
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Zusätzliche Informationen
Technische Voraussetzungen
Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.
Lernziele
- Eine produktive Nextflow-Entwicklungsumgebung einrichten und konfigurieren
- Fortgeschrittene Scripting-Muster für komplexe Datentransformationen anwenden
- Metadaten in mehrstufigen Workflows verwalten und weitergeben
- Datenkanäle für parallele und serielle Verarbeitung aufteilen und gruppieren
- Nextflow-Workflows mit nf-test testen
- Komplexe Pipelines aus wiederverwendbaren benannten Workflow-Modulen zusammenstellen
- Effizient mit Dateien über Nextflow-Dateioperationen arbeiten
- Häufige Workflow-Probleme systematisch debuggen
- Nextflow-Plugins verwenden und entwickeln
Zielgruppe & Voraussetzungen
- Zielgruppe: Diese Sammlung richtet sich an Lernende, die den Hello Nextflow Einsteiger-Kurs abgeschlossen haben und tiefer in spezifische Themen eintauchen möchten.
- Kenntnisse: Erfahrung mit der Kommandozeile und grundlegende Kenntnisse der Nextflow-Konzepte und -Werkzeuge werden vorausgesetzt.
- Kurse: Hello Nextflow oder Äquivalent muss abgeschlossen sein.
Nach Thema durchsuchen¶
Wenn du zum ersten Mal an einem unserer Trainings teilnimmst, schau dir zuerst die Seite Erste Schritte an. Dort findest du einen Überblick über die Trainingsumgebung und die Materialien. Ansonsten kannst du direkt in die Quest einsteigen, die dich am meisten anspricht.
| Side Quest | Zusammenfassung | Geschätzte Zeit |
|---|---|---|
| Entwickler-Tools & Tricks | ||
| Development Environment | Eine produktive lokale Nextflow-Entwicklungsumgebung einrichten und konfigurieren | 45 Min |
| Troubleshooting Workflows | Häufige Workflow-Fehler identifizieren und beheben | 1 Stunde |
| Essential Scripting Patterns | Fortgeschrittene Scripting-Techniken für häufige Workflow-Herausforderungen | 90 Min |
| Tiefer Einblick in den Datenfluss | ||
| File Input Processing | Dateiverarbeitung, Pfadoperationen und Organisation von Ausgaben | 45 Min |
| Metadata and Meta Maps | Metadaten-Maps verwenden, um Probeninformationen zu verfolgen und weiterzugeben | 45 Min |
| Splitting and Grouping | Techniken zum Aufteilen und Neugruppieren von Datenkanälen | 45 Min |
| Modulare Architektur in der Praxis | ||
| Workflows of Workflows | Komplexe Pipelines aus wiederverwendbaren benannten Workflow-Modulen zusammenstellen | 30 Min |
| Das erweiterte Nextflow-Universum | ||
| Testing with nf-test | Tests für Nextflow-Workflows schreiben und ausführen | 1 Stunde |
| Plugin Development | Nextflow-Plugins verwenden und entwickeln | 3 Stunden |