Zum Inhalt

nf-core verwendencourse

  • Kursübersicht

    KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen

    „nf-core verwenden" ist eine praxisorientierte Einführung in das Finden, Ausführen und Konfigurieren von nf-core Community-Pipelines.

    Anhand praktischer Beispiele und geführter Übungen lernst du, nf-core-Pipelines zu finden und abzurufen, sie mit ihren integrierten Test-Profilen auszuführen und ihre Ausführung über Parameter und Konfigurationsdateien anzupassen.

    Du wirst die Fähigkeiten und das Vertrauen mitnehmen, um nf-core-Pipelines für deine eigenen Analysen einzusetzen.

  • Zusätzliche Informationen

    Technische Voraussetzungen

    Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.

    Lernziele
    • nf-core Community-Pipelines finden, abrufen und ausführen
    • Pipeline-Ausführung mit Parametern und Konfigurationsdateien anpassen
    • Verstehen, wie nf-core-Pipelines Parameter und Eingabedaten validieren
    • Eine produktionsreife Pipeline (nf-core/rnaseq) ausführen und ihre Standard-Ressourcenzuweisungen überschreiben
    Zielgruppe & Voraussetzungen
    • Zielgruppe: Dieser Kurs richtet sich an Lernende, die bereits wissen, wie man lokale Nextflow-Pipelines ausführt, neu bei nf-core sind und bestehende Community-Pipelines nutzen möchten.
    • Kenntnisse: Grundlegende Vertrautheit mit der Kommandozeile, einfachen Scripting-Konzepten und gängigen Dateiformaten wird vorausgesetzt.
    • Kurse: Nextflow Run muss abgeschlossen sein oder du solltest anderweitig mit dem Ausführen einer lokalen Pipeline mit nextflow run vertraut sein.
    • Fachgebiet: Die Übungen verwenden Bioinformatik-Pipelines, aber kein wissenschaftliches Vorwissen ist erforderlich.

Kursübersicht

Dieser Kurs ist praxisorientiert, mit zielgerichteten Übungen, die Informationen schrittweise einführen.

Du beginnst mit nf-core/demo, einer minimalen Pipeline, die vom nf-core-Projekt zu Trainingszwecken gepflegt wird, und wendest das Gelernte dann auf nf-core/rnaseq an – eine weit verbreitete Produktions-Pipeline für die Bulk-RNA-Sequenzierungsanalyse.

Dieser Kurs konzentriert sich auf das Ausführen von Pipelines. Wenn du eine Einführung in die Entwicklung nf-core-kompatibler Pipelines suchst, schau dir Build with nf-core an.

Lehrplan

Kurskapitel Zusammenfassung Geschätzte Dauer
Teil 1: Eine Demo-Pipeline ausführen Eine nf-core-Pipeline finden und abrufen und sie mit ihrem Test-Profil ausführen 20 Min.
Teil 2: Pipeline-Ausführung konfigurieren Parameter setzen, Validierung verstehen und Ressourcenzuweisung sowie Tool-Argumente anpassen 20 Min.
Teil 3: Eine Produktions-Pipeline ausführen nf-core/rnaseq herunterladen und ausführen und ihre Standard-Ressourcenzuweisungen überschreiben 20 Min.

Am Ende dieses Kurses kannst du die Vielzahl an Community-Pipelines des nf-core-Projekts für dich nutzen.

Bereit, den Kurs zu starten?

Jetzt loslegen