Erste Schritte¶

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Trainingsumgebung starten¶

Um die von uns auf GitHub Codespaces bereitgestellte Umgebung zu nutzen, klicke auf die Schaltfläche „Open in GitHub Codespaces" unten. Weitere Optionen findest du unter Umgebungsoptionen.

Wir empfehlen, die Trainingsumgebung in einem neuen Browser-Tab oder -Fenster zu öffnen (je nach Gerät per Rechtsklick, Strg+Klick oder Cmd+Klick), damit du weiterlesen kannst, während die Umgebung lädt. Du solltest diese Anleitung parallel geöffnet halten, um den Kurs durchzuarbeiten.

Grundlagen der Umgebung¶

Diese Trainingsumgebung enthält die gesamte Software, den Code und die Daten, die du für den Kurs benötigst – du musst also nichts selbst installieren.

Der Codespace ist mit einer VSCode-Oberfläche eingerichtet, die einen Datei-Explorer, einen Code-Editor und ein Terminal enthält. Alle Anweisungen im Kurs (z. B. „Datei öffnen", „Code bearbeiten" oder „diesen Befehl ausführen") beziehen sich auf diese drei Teile der VSCode-Oberfläche, sofern nicht anders angegeben.

Wenn du diesen Kurs eigenständig durcharbeitest, mach dich bitte mit den Grundlagen der Umgebung für weitere Details vertraut.

Versionsanforderungen¶

Dieser Kurs erfordert Nextflow 25.10.2 oder höher, mit aktiviertem v2-Syntax-Parser (Standard ab 25.10+). Wenn du eine lokale oder benutzerdefinierte Umgebung verwendest, stelle sicher, dass du die richtigen Einstellungen verwendest, wie hier dokumentiert.

Bereit zum Arbeiten¶

Sobald dein Codespace läuft, gibt es zwei Dinge zu tun, bevor du einsteigst: das Arbeitsverzeichnis festlegen und einen Blick auf die bereitgestellten Materialien werfen.

Arbeitsverzeichnis festlegen¶

Standardmäßig öffnet sich der Codespace im Stammverzeichnis aller Trainingskurse. Wechsle für diesen Kurs in das Verzeichnis config-exec/:

cd config-exec/

Dann weise VSCode an, sich auf dieses Verzeichnis zu fokussieren, damit nur die relevanten Dateien in der Datei-Explorer-Seitenleiste angezeigt werden:

code .

Tipp

Falls du dieses Verzeichnis aus irgendeinem Grund verlässt (z. B. wenn dein Codespace in den Ruhezustand wechselt), kannst du jederzeit den vollständigen Pfad verwenden, um dorthin zurückzukehren – vorausgesetzt, du arbeitest in der GitHub Codespaces-Trainingsumgebung:

cd /workspaces/training/config-exec

Bereitgestellte Materialien erkunden¶

Du kannst die Kursmaterialien über den Datei-Explorer auf der linken Seite oder mit dem Befehl tree erkunden. Führe folgenden Befehl im Terminal aus, um die vollständige Struktur anzuzeigen:

tree . -L 2

Verzeichnisinhalt

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

Die Dateien main.nf und modules/ sind dieselbe mehrstufige Pipeline aus Nextflow Run, und die Datei nextflow.config ist dieselbe Konfiguration, die du dort bereits gesehen hast. Du wirst beide im Laufe dieser Übungen erweitern.

Das Verzeichnis data/ enthält die CSV-Eingabedatei, aus der die Pipeline liest.

Bereitschafts-Checkliste¶

Bereit zum Einsteigen?

Ich verstehe das Ziel dieses Kurses und seine Voraussetzungen
Meine Umgebung ist eingerichtet und läuft
Ich habe mein Arbeitsverzeichnis entsprechend festgelegt

Wenn du alle Punkte abhaken kannst, kann es losgehen.

Um zu Teil 1: An deine Rechenumgebung anpassen zu gelangen, klicke auf den Pfeil in der unteren rechten Ecke dieser Seite.