Nextflow für Genomikcourse¶
-
Kursübersicht
KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen
Ein praxisorientierter Kurs, der Nextflow auf einen realen Genomik-Anwendungsfall anwendet: Variantenaufruf mit GATK.
Dieser Kurs baut auf dem Hello Nextflow Einsteiger-Training auf und zeigt, wie du Nextflow im spezifischen Kontext der Genomik einsetzen kannst. Du wirst eine Variantenaufruf-Pipeline mit GATK (Genome Analysis Toolkit) implementieren, einem weit verbreiteten Softwarepaket zur Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten.
-
Zusätzliche Informationen
Technische Voraussetzungen
Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.
Lernziele
- Schreibe einen linearen Workflow, um Variantenaufruf auf eine einzelne Probe anzuwenden
- Verwalte Hilfsdateien wie Indexdateien und Referenzgenom-Ressourcen angemessen
- Nutze Nextflows Dataflow-Paradigma, um den Variantenaufruf pro Probe zu parallelisieren
- Implementiere Multi-Sample Joint Calling mit relevanten Channel-Operatoren
Zielgruppe & Voraussetzungen
- Zielgruppe: Dieser Kurs richtet sich an Forscher*innen in der Genomik und verwandten Bereichen, die Datenanalyse-Pipelines entwickeln oder anpassen möchten.
- Fähigkeiten: Grundkenntnisse der Kommandozeile, grundlegende Skriptkonzepte und gängige Genomik-Dateiformate werden vorausgesetzt.
- Voraussetzungen: Grundlegende Nextflow-Konzepte und -Werkzeuge, die in Hello Nextflow behandelt werden.
Kursübersicht¶
Dieser Kurs ist praxisorientiert, mit zielgerichteten Übungen, die so strukturiert sind, dass Informationen schrittweise eingeführt werden.
Du beginnst damit, die Variantenaufruf-Tools manuell im Terminal auszuführen, um die Methodik zu verstehen. Anschließend baust du schrittweise eine Nextflow-Pipeline auf, die die Analyse automatisiert und skaliert.
Lektionsplan¶
Wir haben dies in drei Teile unterteilt, die sich jeweils auf bestimmte Aspekte der Anwendung von Nextflow auf einen Genomik-Anwendungsfall konzentrieren.
| Kurskapitel | Zusammenfassung | Geschätzte Dauer |
|---|---|---|
| Teil 1: Methodenübersicht | Verstehen der Variantenaufruf-Methodik und manuelles Ausführen der Tools | 30 Min. |
| Teil 2: Variantenaufruf pro Probe | Erstellen einer Pipeline, die BAM-Dateien indiziert und Varianten aufruft, dann Skalierung auf mehrere Proben | 60 Min. |
| Teil 3: Joint Calling auf einer Kohorte | Hinzufügen von Multi-Sample Joint Genotyping mit Channel-Operatoren zur Aggregation von Ausgaben pro Probe | 45 Min. |
Am Ende dieses Kurses wirst du in der Lage sein, grundlegende Nextflow-Konzepte und -Werkzeuge auf einen typischen Genomik-Anwendungsfall anzuwenden.
Bereit, den Kurs zu beginnen?