Nextflow Runcourse¶
-
Kursübersicht
KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen
Nextflow Run ist eine praktische Einführung in die Ausführung reproduzierbarer und skalierbarer Datenanalyse-Workflows.
In einer Reihe zielgerichteter Übungen lernst du die Grundlagen zum Starten und Verwalten von Nextflow-Pipelines, verstehst, wie Kanäle und Operatoren die parallele Verarbeitung mehrerer Eingaben ermöglichen, und verwendest Container zur Verwaltung von Software-Abhängigkeiten.
Nach diesem Kurs hast du die Fähigkeiten und das Vertrauen, um Workflows mit Nextflow auszuführen.
-
Zusätzliche Informationen
Technische Voraussetzungen
Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.
Lernziele
- Nextflow-Pipelines von der Befehlszeile starten und verwalten
- Verstehen, wie Kanäle und Operatoren effiziente Workflows mit mehreren Eingaben und Schritten ermöglichen
- Container verwenden, um Software-Abhängigkeiten zu verwalten und Reproduzierbarkeit sicherzustellen
- Pipeline-Ausführung und Ausgaben konfigurieren
- Ausführungsberichte erstellen, den Verlauf vergangener Ausführungen einsehen und alte Work-Verzeichnisse bereinigen
- Pipelines direkt aus Remote-Repositories wie GitHub ausführen
Zielgruppe & Voraussetzungen
- Zielgruppe: Dieser Kurs richtet sich an Lernende, die völlig neu bei Nextflow sind und bestehende Pipelines ausführen möchten.
- Kenntnisse: Grundlegende Vertrautheit mit der Befehlszeile, grundlegenden Scripting-Konzepten und gängigen Dateiformaten wird vorausgesetzt.
- Fachgebiet: Die Übungen sind alle fachunabhängig, sodass keine wissenschaftlichen Vorkenntnisse erforderlich sind.
Kursübersicht¶
Dieser Kurs ist praxisorientiert, mit zielgerichteten Übungen, die Informationen schrittweise einführen.
Du wirst mehrere Versionen einer Nextflow-Pipeline ausführen, die Texteingaben verarbeitet. Du beginnst mit einer einfachen Version, die aus einem einzelnen Schritt besteht, und gelangst schließlich zu einer mehrstufigen Version, die eine CSV-Datei mit Eingaben nimmt, einige Transformationsschritte ausführt und eine einzelne Textdatei ausgibt, die ASCII-Art enthält, die von einem containerisierten Tool erzeugt wird.
Dieser Kurs konzentriert sich auf das Ausführen von Pipelines (benannt nach dem Kernbefehl nextflow run).
Wenn du eine Einführung in die Entwicklung von Nextflow-Pipelines suchst, siehe Hello Nextflow.
Hinweis
Suchst du die frühere Version dieses Kurses? Sie wurde durch die Version auf dieser Seite ersetzt, ist aber noch im Release 3.6.1 der Trainingsseite verfügbar.
Lehrplan¶
| Kurskapitel | Zusammenfassung | Geschätzte Dauer |
|---|---|---|
| Teil 1: Nextflow ausführen | Nextflow-Pipelines starten und verwalten sowie grundlegende Workflow-Mechanismen verstehen | 25 Min |
| Teil 2: Pipeline konfigurieren | Pipeline-Ausführung und Ausgaben mit nextflow.config konfigurieren |
20 Min |
| Teil 3: Workflow-Ausführungen verwalten | Ausführungsberichte erstellen, den Verlauf vergangener Ausführungen einsehen und alte Work-Verzeichnisse bereinigen | 10 Min |
| Teil 4: Remote-Pipelines ausführen | Eine Pipeline direkt von GitHub ausführen und auf eine bestimmte Revision festlegen | 10 Min |
Nach Abschluss dieses Kurses bist du gut vorbereitet, um reproduzierbare Workflows für deine eigenen Projekte auszuführen.
Bereit, den Kurs zu beginnen?