Kursübersicht¶

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Herzlichen Glückwunsch zum Abschluss des Kurses „Use nf-core"! 🎉

Deine Reise¶

Du hast damit begonnen, die nf-core/demo-Pipeline zu finden und abzurufen, und dann gelernt, sie mit ihrem Test-Profil auszuführen und ihre Ausgaben zu untersuchen. Anschließend hast du die Ausführung über Pipeline-Parameter und Konfigurationsdateien angepasst und gesehen, wie nf-core-Pipelines Parameter und Eingabedaten validieren. Schließlich hast du dieselben Fähigkeiten auf nf-core/rnaseq angewendet – eine Pipeline im Produktionsmaßstab – und gelernt, wie du ihre Standard-Ressourcenzuweisungen an die dir verfügbare Hardware anpassen kannst.

Was du gelernt hast¶

Du kannst jetzt nf-core-Pipelines finden, abrufen, ausführen und konfigurieren.

nf-core-Pipelines werden mit nextflow pull abgerufen und folgen einer standardisierten Code-Organisation.
Jede nf-core-Pipeline enthält ein test-Profil zur schnellen Validierung mit einem kleinen Datensatz.
Pipeline-Parameter (gesetzt über --param_name oder -params-file) und Konfiguration (gesetzt über -c) dienen unterschiedlichen Zwecken: Eingaben und Analyseoptionen einerseits, Ausführungsdetails wie Ressourcenzuweisung andererseits.
nf-core-Pipelines validieren Parameter und Eingabedateien automatisch und erkennen Fehler, bevor irgendeine Arbeit erledigt wird.
Ressourcen-Standardwerte werden über Labels (process_low, process_medium, process_high) vergeben, die in conf/base.config definiert sind und mit einer eigenen Konfigurationsdatei überschrieben werden können.

Erworbene Fähigkeiten¶

In diesem praxisorientierten Kurs hast du gelernt, wie du:

Eine nf-core-Pipeline auf der nf-co.re-Website findest und ihren Quellcode abrufst
Eine Pipeline mit ihrem integrierten Test-Profil ausführst und ihre Ausgaben untersuchst
Hilfe bekommst, Parameter setzt und Parameter- sowie Eingabevalidierung verstehst
Ressourcenzuweisung und Tool-Argumente über Konfigurationsdateien anpasst
Eine Pipeline im Produktionsmaßstab abrufst und ausführst und ihre Standard-Ressourcen-Labels überschreibst

Du verfügst jetzt über das grundlegende Wissen, um nf-core-Pipelines für deine eigenen Analysen einzusetzen.

Nächste Schritte zum Ausbau deiner Fähigkeiten¶

Hier sind unsere wichtigsten Empfehlungen für das weitere Vorgehen:

Starte und überwache diese Pipelines in großem Maßstab mit Scale with Seqera
Führe nf-core-Pipelines nicht nur aus, sondern entwickle sie! Lerne nf-core Best Practices mit Build with nf-core
Neu bei Nextflow? Starte mit Nextflow Run
Wende Nextflow auf einen wissenschaftlichen Anwendungsfall an mit Nextflow for Science
Entdecke fortgeschrittenere Nextflow-Funktionen mit den Side Quests

Hilfe erhalten¶

Hilferessourcen und Community-Support findest du auf der Hilfe-Seite.

Feedback-Umfrage¶

Bevor du weitermachst, nimm dir bitte eine Minute Zeit, um die Kursumfrage auszufüllen! Dein Feedback hilft uns, unsere Trainingsmaterialien für alle zu verbessern.

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