Configure Executioncourse¶

Kursübersicht

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Configure Execution ist eine praxisorientierte Einführung in die Anpassung der Nextflow-Pipeline-Ausführung an verschiedene Rechenumgebungen.

In zielorientierten Übungen lernst du, wie du die Software-Packaging-Technologie wechselst, eine Ausführungsplattform auswählst, Rechenressourcen und Wiederholungsversuche steuerst und Konfigurationen in umschaltbare Profile bündelst.

Du wirst die Fähigkeiten und das Vertrauen mitnehmen, um die Ausführung von Nextflow-Pipelines wie ein Profi zu konfigurieren.
Zusätzliche Informationen

Technische Voraussetzungen

Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.
Lernziele
- Zwischen Docker und Conda als Software-Packaging-Technologie wechseln
- Eine Ausführungsplattform auswählen und verstehen, wie Nextflow die Aufgabenausführung daran anpasst
- Rechenressourcen steuern und fehlgeschlagene Aufgaben automatisch wiederholen
- Profile definieren und kombinieren, um zwischen vordefinierten Konfigurationen zu wechseln
Zielgruppe & Voraussetzungen
- Zielgruppe: Dieser Kurs richtet sich an Lernende, die bereits wissen, wie man lokale Nextflow-Pipelines startet, und die Ausführung tiefer konfigurieren möchten.
- Kenntnisse: Grundlegende Kenntnisse der Kommandozeile werden vorausgesetzt.
- Kurse: Du musst Nextflow Run abgeschlossen haben oder anderweitig mit dem Ausführen einer lokalen Pipeline mit nextflow run vertraut sein.

Kursübersicht¶

Dieser Kurs ist praxisorientiert und baut auf den Kenntnissen auf, die in Nextflow Run vermittelt werden.

Du nimmst dieselbe mehrstufige Pipeline aus diesem Kurs und passt ihre Konfiguration schrittweise an verschiedene Rechenumgebungen an. Anschließend bündelst du alles in Profile, zwischen denen du zur Laufzeit wechseln kannst.

Lehrplan¶

Kurskapitel	Zusammenfassung	Geschätzte Dauer
Teil 1: An deine Rechenumgebung anpassen	Software-Packaging-Technologie wechseln und eine Ausführungsplattform auswählen	20 Min.
Teil 2: Rechenressourcen und Fehler verwalten	Ressourcenzuweisung steuern und fehlgeschlagene Aufgaben automatisch wiederholen	15 Min.
Teil 3: Profile zum Wechseln von Konfigurationen nutzen	Profile definieren und kombinieren sowie die vollständig aufgelöste Konfiguration prüfen	15 Min.

Am Ende dieses Kurses kannst du Nextflow-Pipelines sicher für verschiedene Rechenumgebungen konfigurieren und mit minimalem Aufwand zwischen ihnen wechseln.

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