Zum Inhalt

Skalieren mit Seqeracourse

  • Kursübersicht

    KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen

    Skalieren mit Seqera ist eine praxisorientierte Einführung in das Starten und Überwachen von Nextflow-Pipelines mit Seqera Platform.

    Anhand praktischer Beispiele richtest du den Zugang zu Seqera Platform ein, startest eine produktionsreife Pipeline sowohl über die Web-Oberfläche als auch über die Befehlszeile und fügst eine neue Pipeline zu deinem Workspace hinzu.

    Du wirst die Fähigkeiten und das Vertrauen mitnehmen, um deine eigenen Pipelines auf Seqera Platform auszuführen und zu überwachen.

  • Zusätzliche Informationen

    Technische Voraussetzungen

    Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.

    Lernziele
    • Registriere dich bei Seqera Platform und erkunde die Community Showcase
    • Füge eine Pipeline zu einem Workspace hinzu und starte sie über die Web-Oberfläche
    • Authentifiziere dich und starte Pipelines über die Befehlszeile mit der tw CLI
    • Registriere eine auf GitHub gehostete Pipeline und starte sie auf beide Arten
    Zielgruppe & Voraussetzungen
    • Zielgruppe: Dieser Kurs richtet sich an Lernende, die Nextflow-Pipelines mit Seqera Platform in großem Maßstab ausführen möchten.
    • Kenntnisse: Grundlegende Erfahrung mit dem Ausführen von nf-core-Pipelines über die Befehlszeile wird vorausgesetzt.
    • Kurse: Du musst Nextflow Run und Use nf-core abgeschlossen haben oder anderweitig mit dem Ausführen lokaler und nf-core/rnaseq-Pipelines vertraut sein.

Kursübersicht

Dieser Kurs ist praxisorientiert und baut auf den Pipelines auf, die du bereits in Use nf-core ausgeführt hast.

Du beginnst damit, dich bei Seqera Platform zu registrieren und nf-core/rnaseq, eine produktionsreife Pipeline, über die Web-Oberfläche zu starten. Dann wechselst du zum tw-Befehlszeilentool, um dasselbe über ein Terminal zu tun, und registrierst abschließend eine neue Pipeline, nf-core/demo, und startest sie auf beide Arten.

Lehrplan

Kurskapitel Zusammenfassung Geschätzte Dauer
Teil 1: Pipelines über die Web-Oberfläche starten Seqera Platform-Zugang einrichten und eine produktionsreife Pipeline über die Web-Oberfläche starten 20 Min.
Teil 2: Pipelines über die Befehlszeile starten Die tw CLI authentifizieren, eine gespeicherte Pipeline starten und eine neue Pipeline über die CLI registrieren 25 Min.

Am Ende dieses Kurses kannst du Nextflow-Pipelines auf Seqera Platform sicher starten und überwachen – egal ob du lieber die Web-Oberfläche oder die Befehlszeile verwendest.

Bereit, den Kurs zu starten?

Jetzt loslegen