Salta el contingut

Part 1: Llançar pipelines des de la interfície web

Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments

En aquesta part del curs de formació Scale with Seqera, configurareu l'accés a Seqera Platform i llançareu un pipeline a escala de producció des de la interfície web.

Assegureu-vos que el vostre directori de treball és seqera-scale/ tal com s'indica a la pàgina de Primers passos.

1. Primers passos amb Seqera

Seqera ofereix una plataforma completa per llançar, monitoritzar i gestionar pipelines de Nextflow. Aquesta secció us guia pel procés de registre i orientació abans d'executar el vostre primer pipeline.

1.1. Registreu-vos per obtenir un compte gratuït

Aneu a cloud.seqera.io i creeu un compte gratuït. Podeu registrar-vos amb la vostra adreça de correu electrònic, o amb les credencials de GitHub o Google.

Un compte gratuït us ofereix:

  • Espai de treball personal: el vostre propi espai per afegir pipelines, configurar entorns de còmput i gestionar execucions
  • Accés al Community Showcase: una col·lecció seleccionada de pipelines d'nf-core i de la comunitat, amb configuracions predefinides i dades d'exemple

Consulteu la documentació de Seqera per obtenir una visió general completa dels nivells de compte i les funcionalitats disponibles.

1.2. Exploreu el Community Showcase

Abans de llançar els vostres propis pipelines, dediqueu uns minuts a explorar el Community Showcase. Us ofereix una previsualització realista de l'aspecte de la plataforma amb pipelines i dades reals.

  1. Inicieu sessió a cloud.seqera.io.
  2. A la barra lateral esquerra, feu clic a Showcase.
  3. Navegueu pels pipelines disponibles — reconeixereu diversos pipelines d'nf-core del curs Use nf-core.
  4. Feu clic en un pipeline per veure la seva configuració i els paràmetres de llançament.
  5. Feu clic a Runs per explorar els historials d'execucions d'exemple, incloent-hi detalls a nivell de tasca i informes d'execucions anteriors.

Aquesta és una vista de només lectura, però us mostra com funciona la interfície abans d'executar res vosaltres mateixos.

1.3. Accediu a un espai de treball amb còmput

Per llançar pipelines cal un espai de treball amb un entorn de còmput configurat.

Seqera admet dues maneres de proporcionar còmput:

  • Connecteu la vostra pròpia infraestructura: AWS, Azure, Google Cloud i planificadors HPC (SLURM, LSF, PBS i d'altres). Consulteu la documentació d'entorns de còmput per obtenir guies de configuració.
  • Seqera Compute: un servei gestionat que proporciona entorns de còmput preaprovisionats a AWS, de pagament, sense necessitat de configurar un compte al núvol. Podeu activar-lo directament des de la configuració del vostre espai de treball.

Formació en grup: Si assistiu a una sessió de formació en grup, és possible que us hagin afegit a una organització i un espai de treball que ja té el còmput configurat. El vostre instructor us donarà el nom de l'organització, el nom de l'espai de treball i qualsevol altre detall que necessiteu.

Treball independent: Si esteu seguint aquesta formació pel vostre compte, haureu de configurar un entorn de còmput al vostre espai de treball personal utilitzant una de les opcions anteriors. Els crèdits gratuïts per provar Seqera Compute estan disponibles a petició.

Nota

La resta d'aquest curs assumeix que teniu accés a un espai de treball amb un entorn de còmput configurat. Si esteu en una sessió de formació en grup, el vostre instructor confirmarà quin espai de treball i entorn de còmput heu d'utilitzar.

Conclusio

Teniu un compte de Seqera, heu explorat el Community Showcase i podeu accedir a un espai de treball amb còmput.

Què segueix?

Llançar un pipeline d'RNA-seq a escala de producció des de la interfície web de Seqera Cloud.

2. Llançar nf-core/rnaseq des de la interfície web

Tal com es cobreix a Use nf-core, el pipeline nf-core/rnaseq és un pipeline seleccionat per la comunitat per a l'anàlisi de dades de seqüenciació d'RNA en bloc.

En aquesta secció, afegireu el pipeline al vostre espai de treball, llançareu una execució i monitoritzareu la seva execució.

2.1. Afegiu el pipeline al vostre espai de treball

Convenientment, nf-core/rnaseq forma part d'una col·lecció seleccionada de pipelines que es poden afegir al vostre espai de treball en pocs clics mitjançant el servei Seqera Pipelines.

Més endavant en aquest curs us mostrarem com afegir els vostres propis pipelines.

  1. Navegueu a Seqera Pipelines per explorar la col·lecció de la comunitat.
  2. Cerqueu rnaseq i seleccioneu nf-core/rnaseq.
  3. Feu clic a Launch Pipeline o desplaceu-vos fins al final de la pàgina fins a la secció Launch Pipeline.
  4. Assegureu-vos que heu iniciat sessió i seleccioneu els valors adequats dels menús desplegables Organizations, Workspace i Compute Environment. Consell per a grups: Si esteu utilitzant un espai de treball compartit, afegiu un identificador únic (com ara el vostre nom d'usuari) al nom del pipeline.
  5. Feu clic a Add pipeline to your Seqera account

Apareixerà un quadre amb el missatge: Pipeline added: View Pipeline. En fer clic a l'enllaç, accedireu a l'entrada del pipeline al vostre launchpad.

El pipeline ara apareix al panell Launchpad del vostre espai de treball i està llest per llançar.

2.2. Llanceu el pipeline

Feu clic al botó Launch del pipeline, ja sigui al panell Launchpad o a la pàgina de detalls del pipeline. Això obre la interfície de configuració.

El pipeline ja està configurat amb el perfil test, de manera que les dades d'entrada, el directori de sortida i la referència del genoma ja estan emplenats prèviament. Podeu ignorar la resta de paràmetres i la configuració avançada de moment.

Feu clic al botó blau Launch per iniciar realment l'execució.

2.3. Monitoritzeu l'execució

Després de llançar, sereu dirigits al panell Runs del vostre pipeline.

La vista d'execució mostra:

  • Status: l'estat actual de l'execució (submitted, running, succeeded, failed)
  • Command line: la comanda exacta nextflow run que la plataforma ha construït i enviat
  • Parameters: tots els valors de paràmetres utilitzats per a aquesta execució
  • Tasks: una taula de cada crida a un procés, amb l'estat, la durada i l'ús de recursos

Feu clic a qualsevol fila de tasca per inspeccionar els detalls de la seva execució, incloent-hi:

  • L'script .command.sh que s'ha executat
  • Els registres de stdout i stderr
  • Les mètriques de CPU, memòria i E/S

La pestanya Reports mostrarà un informe MultiQC un cop l'execució s'hagi completat, agregant les mètriques de control de qualitat de totes les mostres.

Això trigarà una estona a executar-se, de manera que continuarem per ara i tornarem més tard per veure les sortides i altres aspectes.

Conclusio

Sabeu com afegir un pipeline a un espai de treball de Seqera, configurar i llançar una execució, i monitoritzar l'execució a escala.

Què segueix?

Continueu amb la Part 2, on aprendreu a fer tot això des de la línia de comandes utilitzant el CLI tw.

Resum

En aquesta part heu après a:

  • Registrar-vos per obtenir un compte de Seqera i explorar el Community Showcase
  • Afegir un pipeline del catàleg seleccionat, llançar una execució a escala de producció i monitoritzar l'execució