Primers passos¶

Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments

Iniciar un entorn de formació¶

Per utilitzar l'entorn preconfigurat que proporcionem a GitHub Codespaces, feu clic al botó "Open in GitHub Codespaces" que apareix a continuació. Per a altres opcions, consulteu Opcions d'entorn.

Recomanem obrir l'entorn de formació en una pestanya o finestra nova del navegador (utilitzeu clic dret, ctrl+clic o cmd+clic segons el vostre equip) perquè pugueu continuar llegint mentre es carrega l'entorn. Haureu de mantenir aquestes instruccions obertes en paral·lel per treballar durant el curs.

Conceptes bàsics de l'entorn¶

Aquest entorn de formació conté tot el programari, codi i dades necessaris per treballar durant el curs de formació, de manera que no cal que instal·leu res vosaltres mateixos.

El codespace està configurat amb una interfície VSCode, que inclou un explorador de fitxers, un editor de codi i un terminal de línia de comandes. Totes les instruccions donades durant el curs (per exemple, 'obriu el fitxer', 'editeu el codi' o 'executeu aquesta comanda') es refereixen a aquestes tres parts de la interfície VSCode tret que s'especifiqui el contrari.

Si esteu treballant en aquest curs pel vostre compte, familiaritzeu-vos amb els conceptes bàsics de l'entorn per obtenir més detalls.

Requisits de versió¶

Aquest curs requereix Nextflow 25.10.2 o posterior, amb l'analitzador de sintaxi v2 activat (el valor per defecte a partir de la versió 25.10+). Si utilitzeu un entorn local o personalitzat, assegureu-vos que utilitzeu la configuració correcta tal com es documenta aquí.

Prepareu-vos per treballar¶

Un cop el vostre codespace estigui en funcionament, hi ha dues coses que heu de fer abans d'endinsar-vos en la formació: establir el vostre directori de treball i donar un cop d'ull als materials proporcionats.

Establir el directori de treball¶

Per defecte, el codespace s'obre a l'arrel de tots els cursos de formació. Per a aquest curs, canvieu al directori nextflow-run/:

cd nextflow-run/

A continuació, configureu VSCode perquè se centri en aquest directori, de manera que només els fitxers rellevants es mostrin a la barra lateral de l'explorador de fitxers:

code .

Consell

Si per qualsevol motiu sortiu d'aquest directori (per exemple, el vostre codespace s'adorm), sempre podeu utilitzar la ruta completa per tornar-hi, assumint que esteu executant això dins de l'entorn de formació de Github Codespaces:

cd /workspaces/training/nextflow-run

Explorar els materials proporcionats¶

Podeu explorar els materials del curs utilitzant l'explorador de fitxers a l'esquerra, o amb la comanda tree. Executeu el següent des del terminal per veure l'estructura completa:

tree . -L 2

Contingut del directori

.
├── 1-hello.nf
├── 2-inputs.nf
├── data
│   ├── greetings-extended.csv
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

Els fitxers .nf són scripts de workflow de complexitat creixent, utilitzats en aquest ordre al llarg del curs.

El directori data/ conté els fitxers d'entrada CSV que utilitzarem a partir de la secció 2.

El directori modules/ conté les definicions de processos utilitzades per main.nf.

El fitxer nextflow.config és un fitxer de configuració que estableix propietats mínimes de l'entorn. Podeu ignorar-lo de moment; el veurem a la secció 4.

Llista de verificació de preparació¶

Creieu que esteu preparats per començar?

Entenc l'objectiu d'aquest curs i els seus prerequisits
El meu entorn està en funcionament
He establert el meu directori de treball adequadament

Si podeu marcar totes les caselles, esteu preparats per començar.

Per continuar a la Part 1: Executar Nextflow, feu clic a la fletxa de la cantonada inferior dreta d'aquesta pàgina.