Resum del curs¶

Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments

Felicitats per completar el curs de formació Use nf-core! 🎉

El vostre recorregut¶

Heu començat trobant i recuperant el pipeline nf-core/demo, i després heu après a executar-lo utilitzant el seu perfil de prova i a examinar les seves sortides. A continuació, heu configurat la seva execució mitjançant paràmetres de pipeline i fitxers de configuració, i heu vist com els pipelines d'nf-core validen els paràmetres i les dades d'entrada. Finalment, heu aplicat aquestes mateixes habilitats a nf-core/rnaseq, un pipeline a escala de producció, i heu après a sobreescriure les seves assignacions de recursos per defecte per adaptar-les al maquinari disponible.

Què heu après¶

Ara sou capaços de trobar, recuperar, executar i configurar pipelines d'nf-core.

Els pipelines d'nf-core es recuperen amb nextflow pull i segueixen una organització de codi estàndard.
Cada pipeline d'nf-core inclou un perfil test per a una validació ràpida amb un conjunt de dades petit.
Els paràmetres de pipeline (definits amb --param_name o -params-file) i la configuració (definida amb -c) tenen propòsits diferents: entrades i opcions d'anàlisi versus logística d'execució com l'assignació de recursos.
Els pipelines d'nf-core validen els paràmetres i els fitxers d'entrada automàticament, detectant errors abans que es faci cap feina.
Els recursos per defecte s'assignen mitjançant etiquetes (process_low, process_medium, process_high) definides a conf/base.config, que podeu sobreescriure amb un fitxer de configuració personalitzat.

Habilitats adquirides¶

A través d'aquest curs pràctic, heu après a:

Trobar un pipeline d'nf-core al lloc web nf-co.re i recuperar el seu codi font
Executar un pipeline utilitzant el seu perfil de prova integrat i examinar les seves sortides
Obtenir ajuda, definir paràmetres i entendre la validació de paràmetres i dades d'entrada
Personalitzar l'assignació de recursos i els arguments de les eines mitjançant fitxers de configuració
Recuperar i executar un pipeline a escala de producció, i sobreescriure les seves etiquetes de recursos per defecte

Ara disposeu dels coneixements fonamentals per començar a executar pipelines d'nf-core per a les vostres pròpies anàlisis.

Passos següents per millorar les vostres habilitats¶

Aquí teniu les nostres principals recomanacions sobre què fer a continuació:

Llanceu i monitoritzeu aquests pipelines a escala amb Scale with Seqera
No us limiteu a executar pipelines d'nf-core, desenvolupeu-los! Apreneu les bones pràctiques d'nf-core amb Build with nf-core
Sou nous a Nextflow? Comenceu amb Nextflow Run
Apliqueu Nextflow a un cas d'ús d'anàlisi científica amb Nextflow for Science
Exploreu funcionalitats més avançades de Nextflow amb els Side Quests

Obtenir ajuda¶

Per a recursos d'ajuda i suport de la comunitat, consulteu la pàgina d'ajuda.

Enquesta de valoració¶

Abans de continuar, dediqueu un minut a completar l'enquesta del curs! Els vostres comentaris ens ajuden a millorar els materials de formació per a tothom.

Feu l'enquesta