Utilitza nf-corecourse¶
-
Resum del curs
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Utilitza nf-core és una introducció pràctica per trobar, executar i configurar pipelines de la comunitat nf-core.
Treballant amb exemples pràctics i exercicis guiats, aprendreu a trobar i obtenir pipelines nf-core, executar-los utilitzant els seus perfils de prova integrats, i personalitzar-ne l'execució mitjançant paràmetres i fitxers de configuració.
Adquirireu les habilitats i la confiança necessàries per començar a executar pipelines nf-core per a les vostres pròpies anàlisis.
-
Informació addicional
Requisits tècnics
Necessitareu un compte de GitHub O una instal·lació local de Nextflow. Consulteu Opcions d'entorn per a més detalls.
Objectius d'aprenentatge
- Trobar, obtenir i executar pipelines de la comunitat nf-core
- Configurar l'execució de pipelines mitjançant paràmetres i fitxers de configuració
- Entendre com els pipelines nf-core validen els paràmetres i les dades d'entrada
- Executar un pipeline a escala de producció (nf-core/rnaseq) i sobreescriure les seves assignacions de recursos per defecte
Públic i prerequisits
- Audiència: Aquest curs està dissenyat per a persones que ja saben executar pipelines locals de Nextflow i que són noves a nf-core, i volen executar pipelines de la comunitat existents.
- Habilitats: S'assumeix una certa familiaritat amb la línia de comandes, conceptes bàsics de scripting i formats de fitxer comuns.
- Cursos: Cal haver completat Nextflow Run o estar còmode executant un pipeline local amb
nextflow run. - Àmbit: Els exercicis utilitzen pipelines de bioinformàtica, però no es requereix cap coneixement científic previ del domini.
Visió general del curs¶
Aquest curs és pràctic, amb exercicis orientats a objectius estructurats per introduir la informació de manera gradual.
Començareu amb nf-core/demo, un pipeline mínim mantingut pel projecte nf-core amb finalitats de formació, i després aplicareu el que heu après a nf-core/rnaseq, un pipeline de producció àmpliament utilitzat per a l'anàlisi de seqüenciació d'RNA en bloc.
Aquest curs se centra en l'execució de pipelines. Si busqueu una introducció al desenvolupament de pipelines compatibles amb nf-core, consulteu Build with nf-core.
Pla de lliçons¶
| Capítol del curs | Resum | Durada estimada |
|---|---|---|
| Part 1: Executar un pipeline de demostració | Trobar i obtenir un pipeline nf-core i executar-lo utilitzant el seu perfil de prova | 20 min |
| Part 2: Configurar l'execució del pipeline | Establir paràmetres, entendre la validació i personalitzar l'assignació de recursos i els arguments d'eines | 20 min |
| Part 3: Executar un pipeline de producció | Obtenir i executar nf-core/rnaseq, i sobreescriure les seves assignacions de recursos per defecte | 20 min |
Al final d'aquest curs, podreu aprofitar la gran quantitat de pipelines de la comunitat que ofereix el projecte nf-core.
Esteu preparats per fer el curs?