Configuració d'Execuciócourse¶
-
Resum del curs
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Configure Execution és una introducció pràctica a l'adaptació de l'execució de pipelines de Nextflow a diferents entorns de còmput.
Mitjançant exercicis orientats a objectius, aprendreu a canviar la tecnologia d'empaquetament de programari, seleccionar una plataforma d'execució, controlar l'assignació de recursos de còmput i els reintents, i agrupar la configuració en perfils commutables.
Adquirireu les habilitats i la confiança per configurar l'execució de pipelines de Nextflow com un professional.
-
Informació addicional
Requisits tècnics
Necessitareu un compte de GitHub O una instal·lació local de Nextflow. Consulteu Opcions d'entorn per a més detalls.
Objectius d'aprenentatge
- Canviar la tecnologia d'empaquetament de programari entre Docker i Conda
- Seleccionar una plataforma d'execució i entendre com Nextflow adapta l'execució de tasques
- Controlar l'assignació de recursos de còmput i reintentar automàticament les tasques que fallen
- Definir i combinar perfils per canviar entre configuracions predefinides
Públic i prerequisits
- Audiència: Aquest curs està dissenyat per a persones que ja saben com llançar pipelines de Nextflow localment i volen configurar l'execució amb més profunditat.
- Habilitats: S'assumeix una certa familiaritat amb la línia de comandes.
- Cursos: Cal haver completat Nextflow Run o estar còmode executant un pipeline local amb
nextflow run.
Visió general del curs¶
Aquest curs és pràctic i es basa en les habilitats cobertes a Nextflow Run.
Partireu del mateix pipeline de múltiples passos d'aquell curs i adaptareu progressivament la seva configuració a diferents entorns de còmput, per després agrupar-ho tot en perfils entre els quals podreu canviar en temps d'execució.
Pla de lliçons¶
| Capítol del curs | Resum | Durada estimada |
|---|---|---|
| Part 1: Adaptar-se al vostre entorn de còmput | Canviar la tecnologia d'empaquetament de programari i seleccionar una plataforma d'execució | 20 min |
| Part 2: Gestionar recursos de còmput i fallades | Controlar l'assignació de recursos i reintentar automàticament les tasques que fallen | 15 min |
| Part 3: Utilitzar perfils per canviar de configuració | Definir i combinar perfils, i inspeccionar la configuració completament resolta | 15 min |
Al final d'aquest curs, estareu còmodes configurant pipelines de Nextflow per a una varietat d'entorns de còmput i canviant entre ells amb el mínim d'inconvenients.
Esteu preparats per fer el curs?