Primers passos¶

Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments

Iniciar un entorn de formació¶

Per utilitzar l'entorn preconfigurado que proporcionem a GitHub Codespaces, feu clic al botó "Open in GitHub Codespaces" que trobareu a continuació. Per a altres opcions, consulteu Opcions d'entorn.

Us recomanem obrir l'entorn de formació en una nova pestanya o finestra del navegador (feu clic amb el botó dret, ctrl-clic o cmd-clic segons el vostre equip) per poder llegir mentre es carrega l'entorn. Haureu de mantenir aquestes instruccions obertes en paral·lel per treballar el curs.

Conceptes bàsics de l'entorn¶

Aquest entorn de formació conté tot el programari, el codi i les dades necessàries per treballar el curs de formació, de manera que no cal que instal·leu res vosaltres mateixos.

El codespace està configurat amb una interfície VSCode, que inclou un explorador de fitxers, un editor de codi i un terminal. Totes les instruccions donades durant el curs (p. ex., "obriu el fitxer", "editeu el codi" o "executeu aquesta comanda") fan referència a aquestes tres parts de la interfície de VSCode, llevat que s'indiqui el contrari.

Si esteu treballant aquest curs pel vostre compte, familiaritzeu-vos amb els conceptes bàsics de l'entorn per obtenir més detalls.

Requisits de versió¶

Aquesta formació funciona amb Nextflow 25.10.2 o posterior amb el parser de sintaxi v2, que és el valor per defecte a partir de Nextflow 26.04. En el nostre entorn de formació no cal fer res: s'executa Nextflow 26.04.4 amb el parser v2. Si utilitzeu un entorn local o personalitzat, consulteu les notes de versió.

nf-core/demo requereix Nextflow 25.10.4 o posterior

El pipeline nf-core/demo utilitzat a la Part 1 imposa la seva pròpia versió mínima de Nextflow (>=25.10.4), que és més estricta que el mínim general de formació de 25.10.2. El nostre entorn de formació ja compleix aquest requisit; si utilitzeu un entorn local o personalitzat, assegureu-vos que teniu Nextflow 25.10.4 o posterior.

Aquesta formació requereix addicionalment nf-core tools 4.0.2. Si utilitzeu una versió diferent de les eines nf-core, és possible que tingueu dificultats per seguir el curs.

Podeu comprovar quina versió està instal·lada al vostre entorn amb la comanda nf-core --version.

Compatibilitat amb el parser v2

Molts pipelines nf-core encara no admeten el parser de sintaxi v2. Si executeu un pipeline nf-core diferent dels utilitzats en aquest curs i trobeu errors, és possible que hàgiu de canviar al parser v1 configurant export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Consulteu les notes de versió per obtenir més detalls.

Prepareu-vos per treballar¶

Un cop el vostre codespace estigui en funcionament, hi ha dues coses que heu de fer abans de submergir-vos en la formació: establir el directori de treball per a aquest curs específic i donar un cop d'ull als materials proporcionats.

Establir el directori de treball¶

Per defecte, el codespace s'obre amb el directori de treball situat a l'arrel de tots els cursos de formació, però per a aquest curs treballarem al directori nfcore-use/.

Canvieu el directori ara executant aquesta comanda al terminal:

cd nfcore-use/

Consell

Si per qualsevol motiu sortiu d'aquest directori (p. ex., si el vostre codespace entra en repòs), sempre podeu utilitzar la ruta completa per tornar-hi, assumint que esteu executant-ho dins de l'entorn de formació de Github Codespaces:

cd /workspaces/training/nfcore-use

A continuació, exploreu el contingut d'aquest directori.

Explorar els materials proporcionats¶

Podeu explorar el contingut d'aquest directori utilitzant l'explorador de fitxers al costat esquerre de l'espai de treball de formació. Alternativament, podeu utilitzar la comanda tree.

tree .

Contingut del directori

.
├── custom.config
├── laptop.config
├── malformed_samplesheet.csv
└── my_params.yml

El fitxer laptop.config és un fitxer de configuració que utilitzarem a la secció 4 per limitar l'ús de recursos quan s'executa un pipeline a escala de producció localment. Podeu ignorar-lo fins aleshores.
Els fitxers my_params.yml, malformed_samplesheet.csv i custom.config s'utilitzen a la Part 2, per demostrar la configuració de paràmetres des d'un fitxer, la validació d'entrades i les sobreescriptures de configuració a nivell de procés. Podeu ignorar-los fins aleshores també.

Llista de verificació de preparació¶

Creieu que esteu a punt per submergir-vos?

Entenc l'objectiu d'aquest curs i els seus prerequisits
El meu entorn està en funcionament
Estic utilitzant nf-core tools 4.0.2 (comproveu-ho amb nf-core --version)
He establert el meu directori de treball correctament

Si podeu marcar totes les caselles, esteu a punt per començar.

Per continuar a la Part 1, feu clic a la fletxa a la cantonada inferior dreta d'aquesta pàgina.