Salta el contingut

Resum del curs

Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments

Felicitats per haver completat el curs de formació Nextflow Run! 🎉

El teu recorregut

Has començat amb un workflow molt bàsic, i has après a executar-lo i trobar les seves sortides. Després, has executat versions cada vegada més realistes d'aquest pipeline: processant múltiples entrades d'un fitxer CSV en paral·lel, utilitzant -resume per ometre el treball completat, i utilitzant contenidors per gestionar el programari del qual depèn un pipeline. A continuació, has après com personalitzar la configuració d'un pipeline utilitzant nextflow.config i perfils, i com controlar on i com es publiquen les seves sortides. Després d'això, has après com generar informes d'execució, inspeccionar l'historial d'execucions anteriors i netejar els directoris de treball antics. Finalment, has après com executar pipelines directament des de repositoris remots com GitHub.

Habilitats adquirides

A través d'aquest curs pràctic, has après com:

  • Llançar un workflow de Nextflow localment i trobar les seves sortides
  • Executar un pipeline de múltiples passos que processa múltiples entrades en paral·lel
  • Utilitzar -resume per evitar repetir el treball completat
  • Utilitzar contenidors per gestionar les dependències de programari
  • Configurar pipelines utilitzant nextflow.config i perfils
  • Personalitzar on i com es publiquen les sortides
  • Generar un informe d'execució HTML amb -with-report i una línia de temps d'execució amb -with-timeline
  • Inspeccionar l'historial d'execucions anteriors amb nextflow log
  • Netejar els directoris de treball antics amb nextflow clean
  • Executar un pipeline directament des d'un repositori remot, i fixar-lo a una revisió específica (i desfer-ne la fixació) per a la reproduïbilitat

Ara estàs equipat amb el coneixement fonamental per començar a integrar pipelines de Nextflow existents en el teu propi treball.

Següents passos per desenvolupar les teves habilitats

Aquí tens les nostres principals suggerències sobre què fer a continuació:

O, si estàs preparat/da per deixar d'executar Nextflow i començar a escriure'l, converteix-te en desenvolupador/a de Nextflow amb Hello Nextflow.

Obtenir ajuda

Per a recursos d'ajuda i suport de la comunitat, consulta la pàgina d'Ajuda.

Enquesta de valoració

Abans de continuar, si us plau, dedica un minut a completar l'enquesta del curs! La teva valoració ens ajuda a millorar els nostres materials de formació per a tothom.

Fes l'enquesta