Nextflow Runcourse¶
-
Resum del curs
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Nextflow Run és una introducció pràctica a l'execució de workflows d'anàlisi de dades reproduïbles i escalables.
Treballant amb una sèrie d'exercicis orientats a objectius, aprendràs els fonaments per llançar i gestionar pipelines de Nextflow, entendràs com els canals i els operadors permeten el processament paral·lel de múltiples entrades, i utilitzaràs contenidors per gestionar les dependències de programari.
Obtindràs les habilitats i la confiança per començar a executar workflows amb Nextflow.
-
Informació addicional
Requisits tècnics
Necessitareu un compte de GitHub O una instal·lació local de Nextflow. Consulteu Opcions d'entorn per a més detalls.
Objectius d'aprenentatge
- Llançar i gestionar pipelines de Nextflow des de la línia de comandes
- Entendre com els canals i els operadors permeten workflows eficients amb múltiples entrades i múltiples passos
- Utilitzar contenidors per gestionar les dependències de programari i garantir la reproducibilitat
- Configurar l'execució de pipelines i les sortides
- Generar informes d'execució, inspeccionar l'historial d'execucions anteriors i netejar directoris de treball antics
- Executar pipelines directament des de repositoris remots com GitHub
Públic i prerequisits
- Audiència: Aquest curs està dissenyat per a estudiants que són completament nous a Nextflow i volen executar pipelines existents.
- Habilitats: S'assumeix certa familiaritat amb la línia de comandes, conceptes bàsics de scripting i formats de fitxer comuns.
- Àmbit: Tots els exercicis són independents del domini, per tant no es requereix coneixement científic previ.
Visió general del curs¶
Aquest curs és pràctic, amb exercicis orientats a objectius estructurats per introduir informació gradualment.
Executaràs diverses versions d'un pipeline de Nextflow que processa entrades de text, començant amb una versió senzilla d'un sol pas i progressant fins a una versió de múltiples passos que pren un fitxer CSV d'entrades, executa uns quants passos de transformació i genera un únic fitxer de text que conté art ASCII generat per una eina en contenidor.
Aquest curs se centra en l'execució de pipelines (anomenat així per la comanda bàsica nextflow run).
Si busques una introducció al desenvolupament de pipelines de Nextflow, consulta Hello Nextflow.
Nota
Busques la versió anterior d'aquest curs? Ha estat substituïda per la versió d'aquesta pàgina, però encara es pot consultar a la versió 3.6.1 del lloc de formació.
Pla de lliçons¶
| Capítol del curs | Resum | Durada estimada |
|---|---|---|
| Part 1: Executar Nextflow | Llançar i gestionar pipelines de Nextflow, i entendre la mecànica essencial dels workflows | 25 min |
| Part 2: Configurar el pipeline | Configurar l'execució del pipeline i les sortides mitjançant nextflow.config |
20 min |
| Part 3: Gestionar les execucions del workflow | Generar informes d'execució, inspeccionar l'historial d'execucions anteriors i netejar directoris de treball antics | 10 min |
| Part 4: Executar pipelines remots | Executar un pipeline directament des de GitHub i fixar-lo a una revisió específica | 10 min |
Al final d'aquest curs, estaràs ben preparat/da per abordar els següents passos en el teu viatge per executar workflows reproduïbles per a les teves necessitats de computació científica.
Preparat/da per fer el curs?