Bölüm 1: Pipeline'ları web arayüzünden başlatma¶

Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Scale with Seqera eğitim kursunun bu bölümünde, Seqera Platform'a erişim kurulumunu yapacak ve web arayüzünden üretim ölçeğinde bir pipeline başlatacaksınız.

Çalışma dizininizin Başlarken sayfasında belirtildiği gibi seqera-scale/ olarak ayarlandığından emin olun.

1. Seqera ile başlarken¶

Seqera, Nextflow pipeline'larını başlatmak, izlemek ve yönetmek için kapsamlı bir platform sunar. Bu bölüm, ilk pipeline'ınızı çalıştırmadan önce hesap oluşturma ve platforma alışma süreçlerinde size rehberlik eder.

1.1. Ücretsiz hesap oluşturma¶

cloud.seqera.io adresine gidin ve ücretsiz bir hesap oluşturun. E-posta adresinizi, GitHub veya Google kimlik bilgilerinizi kullanarak kayıt olabilirsiniz.

Ücretsiz hesapla şunlara erişebilirsiniz:

Kişisel çalışma alanı: pipeline ekleyebileceğiniz, hesaplama ortamlarını yapılandırabileceğiniz ve çalıştırmaları yönetebileceğiniz kendi alanınız
Community Showcase'e erişim: önceden yapılandırılmış ayarlar ve örnek çalıştırma verileriyle birlikte sunulan, nf-core ve topluluk pipeline'larından oluşan özenle seçilmiş bir koleksiyon

Hesap kademeleri ve mevcut özellikler hakkında kapsamlı bir genel bakış için Seqera belgelerine bakın.

1.2. Community Showcase'i keşfetme¶

Kendi pipeline'larınızı başlatmadan önce, birkaç dakikanızı Community Showcase'i keşfetmeye ayırın. Gerçek pipeline'lar ve verilerle platformun nasıl göründüğüne dair gerçekçi bir ön izleme sunar.

cloud.seqera.io adresinden giriş yapın.
Sol kenar çubuğunda Showcase seçeneğine tıklayın.
Mevcut pipeline'lara göz atın — Use nf-core kursundan tanıdık birkaç nf-core pipeline'ı göreceksiniz.
Bir pipeline'a tıklayarak yapılandırmasını ve başlatma ayarlarını inceleyin.
Önceki çalıştırmalara ait görev düzeyindeki ayrıntılar ve raporlar dahil olmak üzere örnek çalıştırma geçmişlerini keşfetmek için Runs seçeneğine tıklayın.

Bu salt okunur bir görünümdür; ancak herhangi bir şey çalıştırmadan önce arayüzün nasıl çalıştığını anlamanızı sağlar.

1.3. Hesaplama ortamına sahip bir çalışma alanına erişme¶

Pipeline başlatmak için yapılandırılmış bir hesaplama ortamına sahip bir çalışma alanı gerekir.

Seqera, hesaplama sağlamak için iki yöntemi destekler:

Kendi altyapınızı bağlama: AWS, Azure, Google Cloud ve HPC zamanlayıcıları (SLURM, LSF, PBS ve diğerleri). Kurulum kılavuzları için hesaplama ortamları belgelerine bakın.
Seqera Compute: AWS üzerinde önceden sağlanmış hesaplama ortamları sunan, bulut hesabı kurulumu gerektirmeyen ve ücretli olarak sunulan yönetilen bir hizmet. Doğrudan çalışma alanı ayarlarınızdan etkinleştirebilirsiniz.

Grup eğitimi: Bir grup eğitim oturumuna katılıyorsanız, hesaplama ortamı önceden yapılandırılmış bir organizasyon ve çalışma alanına eklenmiş olabilirsiniz. Eğitmeniniz size organizasyon adını, çalışma alanı adını ve ihtiyaç duyduğunuz diğer ayrıntıları verecektir.

Bağımsız çalışma: Bu eğitimi kendi başınıza tamamlıyorsanız, yukarıdaki seçeneklerden birini kullanarak kişisel çalışma alanınızda bir hesaplama ortamı kurmanız gerekecektir. Seqera Compute'u denemek için ücretsiz krediler talep üzerine sunulmaktadır.

Not

Bu kursun geri kalanında, yapılandırılmış bir hesaplama ortamına sahip bir çalışma alanına erişiminizin olduğu varsayılmaktadır. Grup eğitim oturumundaysanız, eğitmeniniz hangi çalışma alanını ve hesaplama ortamını kullanacağınızı onaylayacaktır.

Özetle¶

Bir Seqera hesabınız var, Community Showcase'i keşfettiniz ve hesaplama ortamına sahip bir çalışma alanına erişebiliyorsunuz.

Sırada ne var?¶

Seqera Cloud web arayüzünden üretim ölçeğinde bir RNA-seq pipeline'ı başlatın.

2. nf-core/rnaseq'i web arayüzünden başlatma¶

Use nf-core kursunda ele alındığı üzere, nf-core/rnaseq pipeline'ı toplu RNA dizi verisi analizi için topluluk tarafından denetlenmiş bir pipeline'dır.

Bu bölümde, pipeline'ı çalışma alanınıza ekleyecek, bir çalıştırma başlatacak ve yürütmeyi izleyeceksiniz.

2.1. Pipeline'ı çalışma alanınıza ekleme¶

nf-core/rnaseq, Seqera Pipelines hizmeti aracılığıyla birkaç tıklamayla çalışma alanınıza eklenebilen, özenle seçilmiş bir pipeline koleksiyonunun parçasıdır.

Kendi pipeline'larınızı nasıl ekleyeceğinizi bu kursun ilerleyen bölümlerinde göstereceğiz.

Topluluk koleksiyonuna göz atmak için Seqera Pipelines adresine gidin.
rnaseq için arama yapın ve nf-core/rnaseq seçeneğini seçin.
Launch Pipeline seçeneğine tıklayın veya sayfanın alt kısmındaki Launch Pipeline bölümüne gidin.
Giriş yaptığınızdan emin olun ve Organizations, Workspace ile Compute Environment açılır menülerinden uygun değerleri seçin. Gruplar için ipucu: Paylaşılan bir çalışma alanı kullanıyorsanız, pipeline adına benzersiz bir tanımlayıcı (kullanıcı adınız gibi) ekleyin.
Add pipeline to your Seqera account seçeneğine tıklayın.

Pipeline added: View Pipeline mesajını içeren bir kutu görünecektir. Bağlantıya tıkladığınızda, başlatma panelindeki pipeline girişine yönlendirilirsiniz.

Pipeline artık çalışma alanınızın Launchpad panelinde listelenmekte ve başlatılmaya hazır durumdadır.

2.2. Pipeline'ı başlatma¶

Launchpad panelinde veya pipeline ayrıntıları sayfasında pipeline'ın Launch düğmesine tıklayın. Bu işlem yapılandırma arayüzünü açar.

Pipeline, test profiliyle önceden yapılandırılmıştır; bu nedenle girdi verisi, çıktı dizini ve genom referansı otomatik olarak doldurulmuştur. Şimdilik diğer parametreleri ve gelişmiş ayarları görmezden gelebilirsiniz.

Çalıştırmayı gerçekten başlatmak için mavi Launch düğmesine tıklayın.

2.3. Yürütmeyi izleme¶

Başlatmanın ardından, pipeline'ınızın Runs paneline yönlendirilirsiniz.

Çalıştırma görünümü şunları gösterir:

Status: çalıştırmanın mevcut durumu (gönderildi, çalışıyor, başarılı, başarısız)
Command line: Platform'un oluşturup gönderdiği tam nextflow run komutu
Parameters: bu çalıştırma için kullanılan tüm parametre değerleri
Tasks: durum, süre ve kaynak kullanımıyla birlikte her süreç çağrısının yer aldığı tablo

Yürütme ayrıntılarını incelemek için herhangi bir görev satırına tıklayın:

Çalıştırılan .command.sh betiği
stdout ve stderr günlükleri
CPU, bellek ve G/Ç metrikleri

Reports sekmesi, çalıştırma tamamlandığında tüm örneklerdeki kalite kontrol metriklerini bir araya getiren bir MultiQC raporu gösterecektir.

Çalıştırmanın tamamlanması biraz zaman alacağından, şimdilik devam edecek ve çıktılara bakmak için daha sonra geri döneceğiz.

Özetle¶

Bir Seqera çalışma alanına pipeline eklemeyi, çalıştırmayı yapılandırıp başlatmayı ve yürütmeyi ölçekte izlemeyi öğrendiniz.

Sırada ne var?¶

tw CLI'ını kullanarak tüm bunları komut satırından nasıl yapacağınızı öğreneceğiniz Bölüm 2'ye geçin.

Özet¶

Bu bölümde şunları öğrendiniz:

Seqera hesabı oluşturma ve Community Showcase'i keşfetme
Özenle seçilmiş katalogdan pipeline ekleme, üretim ölçeğinde çalıştırma başlatma ve yürütmeyi izleme