Kurs Özeti¶

Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Use nf-core eğitim kursunu tamamladığınız için tebrikler! 🎉

Yolculuğunuz¶

nf-core/demo pipeline'ını bulup indirerek başladınız, ardından test profilini kullanarak çalıştırmayı ve çıktılarını incelemeyi öğrendiniz. Daha sonra, pipeline parametreleri ve yapılandırma dosyaları aracılığıyla çalıştırmayı yapılandırdınız; nf-core pipeline'larının parametreleri ve girdi verilerini nasıl doğruladığını gördünüz. Son olarak, bu becerileri üretim ölçeğinde bir pipeline olan nf-core/rnaseq'e uyguladınız ve varsayılan kaynak tahsislerini kullanabileceğiniz donanıma göre nasıl geçersiz kılacağınızı öğrendiniz.

Öğrendikleriniz¶

Artık nf-core pipeline'larını bulabilir, indirebilir, çalıştırabilir ve yapılandırabilirsiniz.

nf-core pipeline'ları nextflow pull ile indirilir ve standart bir kod organizasyonunu takip eder.
Her nf-core pipeline'ı, küçük bir veri kümesi üzerinde hızlı doğrulama için bir test profiliyle birlikte gelir.
Pipeline parametreleri (--param_name veya -params-file ile ayarlanır) ve yapılandırma (-c ile ayarlanır) farklı amaçlara hizmet eder: biri girdiler ve analiz seçenekleri için, diğeri kaynak tahsisi gibi çalıştırma lojistiği için kullanılır.
nf-core pipeline'ları, herhangi bir iş yapılmadan önce hataları yakalayarak parametreleri ve girdi dosyalarını otomatik olarak doğrular.
Kaynak varsayılanları, conf/base.config dosyasında tanımlanan etiketler (process_low, process_medium, process_high) aracılığıyla atanır; bunları özel bir yapılandırma dosyasıyla geçersiz kılabilirsiniz.

Kazanılan Beceriler¶

Bu uygulamalı kurs sayesinde aşağıdakileri yapmayı öğrendiniz:

nf-co.re web sitesinde bir nf-core pipeline'ı bulmak ve kaynak kodunu indirmek
Yerleşik test profilini kullanarak bir pipeline çalıştırmak ve çıktılarını incelemek
Yardım almak, parametre ayarlamak ve parametre ile girdi doğrulamasını anlamak
Yapılandırma dosyaları aracılığıyla kaynak tahsisini ve araç argümanlarını özelleştirmek
Üretim ölçeğinde bir pipeline indirip çalıştırmak ve varsayılan kaynak etiketlerini geçersiz kılmak

Artık kendi analizleriniz için nf-core pipeline'larını çalıştırmaya başlamak için gereken temel bilgiye sahipsiniz.

Becerilerinizi Geliştirmek İçin Sonraki Adımlar¶

Bundan sonra ne yapacağınıza dair en iyi önerilerimiz:

Bu pipeline'ları ölçekli olarak başlatın ve izleyin: Scale with Seqera
Yalnızca nf-core pipeline'larını çalıştırmakla kalmayın, geliştirin de! Build with nf-core ile nf-core en iyi uygulamalarını öğrenin
Nextflow'a yeni misiniz? Nextflow Run ile başlayın
Nextflow'u bilimsel bir analiz kullanım senaryosuna uygulayın: Nextflow for Science
Side Quests ile daha gelişmiş Nextflow özelliklerini keşfedin

Yardım Alma¶

Yardım kaynakları ve topluluk desteği için Yardım sayfasına bakın.

Geri Bildirim Anketi¶

Devam etmeden önce lütfen bir dakikanızı ayırarak kurs anketini doldurun! Geri bildiriminiz, eğitim materyallerimizi herkes için geliştirmemize yardımcı olur.

Ankete katılın