Başlarken¶

Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Eğitim Ortamını Başlatın¶

GitHub Codespaces üzerinde sunduğumuz hazır ortamı kullanmak için aşağıdaki "Open in GitHub Codespaces" düğmesine tıklayın. Diğer seçenekler için Ortam seçenekleri sayfasına bakın.

Ortam yüklenirken okumaya devam edebilmek için eğitim ortamını yeni bir tarayıcı sekmesinde veya penceresinde açmanızı öneririz (kullandığınız cihaza göre sağ tıklama, ctrl+tıklama veya cmd+tıklama kullanabilirsiniz). Kursu tamamlamak için bu talimatları paralel olarak açık tutmanız gerekecektir.

Ortam Temelleri¶

Bu eğitim ortamı, kursu tamamlamak için gereken tüm yazılım, kod ve verileri içermektedir; dolayısıyla herhangi bir şey kurmanıza gerek yoktur.

Codespace, VSCode arayüzüyle yapılandırılmıştır. Bu arayüz; bir dosya sistemi gezgini, bir kod düzenleyici ve bir terminal kabuğu içermektedir. Kurs boyunca verilen tüm talimatlar (örneğin "dosyayı açın", "kodu düzenleyin" veya "bu komutu çalıştırın"), aksi belirtilmedikçe VSCode arayüzünün bu üç bölümüne atıfta bulunmaktadır.

Bu kursu kendi başınıza tamamlıyorsanız, daha fazla ayrıntı için ortam temelleri sayfasını incelemenizi öneririz.

Sürüm Gereksinimleri¶

Bu kurs, v2 sözdizimi ayrıştırıcısının etkin olduğu (25.10+ sürümünde varsayılan) Nextflow 25.10.2 veya daha yeni bir sürümünü gerektirmektedir. Yerel veya özel bir ortam kullanıyorsanız, burada belgelenen doğru ayarları kullandığınızdan emin olun.

Çalışmaya Hazırlanın¶

Codespace'iniz çalışmaya başladıktan sonra, başlamadan önce yapmanız gereken iki şey vardır: çalışma dizininizi ayarlamak ve sağlanan materyallere göz atmak.

Çalışma Dizinini Ayarlayın¶

Codespace varsayılan olarak tüm eğitim kurslarının kök dizininde açılır. Bu kurs için config-exec/ dizinine geçin:

cd config-exec/

Ardından VSCode'u bu dizine odaklanacak şekilde ayarlayın; böylece dosya gezgini kenar çubuğunda yalnızca ilgili dosyalar görünür:

code .

İpucu

Herhangi bir nedenle bu dizinden çıkarsanız (örneğin codespace'iniz uyku moduna geçerse), Github Codespaces eğitim ortamında çalıştığınızı varsayarak tam yolu kullanarak her zaman geri dönebilirsiniz:

cd /workspaces/training/config-exec

Sağlanan Materyalleri İnceleyin¶

Kurs materyallerini sol taraftaki dosya gezginini kullanarak veya tree komutuyla inceleyebilirsiniz. Tam yapıyı görmek için terminalden aşağıdaki komutu çalıştırın:

tree . -L 2

Dizin içeriği

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

main.nf ve modules/ dosyaları, Nextflow Run kursundaki çok adımlı pipeline'ın aynısıdır; nextflow.config dosyası ise orada gördüğünüz yapılandırmanın aynısıdır. Bu alıştırmalar boyunca her ikisini de genişleteceksiniz.

data/ dizini, pipeline'ın okuduğu CSV girdi dosyasını içermektedir.

Hazırlık Kontrol Listesi¶

Başlamaya hazır olduğunuzu düşünüyor musunuz?

Bu kursun amacını ve ön koşullarını anlıyorum
Ortamım çalışıyor
Çalışma dizinimi uygun şekilde ayarladım

Tüm kutuları işaretleyebildiyseniz, başlayabilirsiniz.

Bölüm 1: Hesaplama ortamınıza uyarlama sayfasına geçmek için bu sayfanın sağ alt köşesindeki oka tıklayın.