Nextflow Runcourse¶
-
Kurs Özeti
Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri
Nextflow Run, tekrar üretilebilir ve ölçeklenebilir veri analizi iş akışlarını çalıştırmaya yönelik uygulamalı bir girişdir.
Hedefe yönelik bir dizi alıştırma üzerinde çalışarak, Nextflow pipeline'larını başlatma ve yönetmenin temellerini öğrenecek, kanalların ve operatörlerin birden fazla girdinin paralel işlenmesini nasıl mümkün kıldığını anlayacak ve yazılım bağımlılıklarını yönetmek için konteyner kullanacaksınız.
İş akışlarını Nextflow ile çalıştırmaya başlamak için gerekli becerileri ve özgüveni kazanacaksınız.
-
Ek Bilgiler
Teknik Gereksinimler
Bir GitHub hesabına VEYA yerel bir Nextflow kurulumuna ihtiyacınız olacak. Daha fazla ayrıntı için Ortam seçenekleri sayfasına bakın.
Öğrenme Hedefleri
- Nextflow pipeline'larını komut satırından başlatma ve yönetme
- Kanalların ve operatörlerin çok girdili, çok adımlı iş akışlarını nasıl verimli kıldığını anlama
- Yazılım bağımlılıklarını yönetmek ve tekrarlanabilirliği sağlamak için konteyner kullanma
- Pipeline çalıştırmasını ve çıktılarını yapılandırma
- Çalıştırma raporları oluşturma, geçmiş çalıştırmaların geçmişini inceleme ve eski work dizinlerini temizleme
- Pipeline'ları doğrudan GitHub gibi uzak depolardan çalıştırma
Hedef Kitle ve Ön Koşullar
- Hedef Kitle: Bu kurs, Nextflow'a tamamen yeni başlayan ve mevcut pipeline'ları çalıştırmak isteyen öğrenciler için tasarlanmıştır.
- Beceriler: Komut satırı, temel betik yazma kavramları ve yaygın dosya formatları hakkında bir miktar bilgi sahibi olunduğu varsayılmaktadır.
- Alan: Alıştırmaların tümü alandan bağımsızdır, bu nedenle önceden bilimsel bilgi gerekmez.
Kurs genel bakışı¶
Bu kurs, bilgileri kademeli olarak tanıtmak üzere yapılandırılmış hedefe yönelik alıştırmalarla uygulamalıdır.
Metin girdilerini işleyen bir Nextflow pipeline'ının birkaç versiyonunu çalıştıracaksınız. Tek bir adımdan oluşan basit bir versiyonla başlayacak ve sonunda bir CSV dosyasından girdi alan, birkaç dönüşüm adımı çalıştıran ve konteyner içindeki bir araç tarafından oluşturulan ASCII sanatını içeren tek bir metin dosyası çıktı veren çok adımlı bir versiyona ilerleyeceksiniz.
Bu kurs, pipeline'ları çalıştırmaya odaklanır (temel nextflow run komutunun adını almıştır).
Nextflow pipeline'ları geliştirmeye giriş arıyorsanız, Hello Nextflow bölümüne bakın.
Not
Bu kursun önceki sürümünü mü arıyorsunuz? Bu sayfadaki sürüm tarafından yerini almış olsa da eğitim sitesinin 3.6.1 sürümünde hâlâ görüntülenebilir.
Ders planı¶
| Kurs bölümü | Özet | Tahmini süre |
|---|---|---|
| Bölüm 1: Nextflow'u çalıştırma | Nextflow pipeline'larını başlatma ve yönetme; temel iş akışı mekaniklerini anlama | 25 dk |
| Bölüm 2: Pipeline'ı yapılandırma | nextflow.config kullanarak pipeline çalıştırmasını ve çıktılarını yapılandırma |
20 dk |
| Bölüm 3: İş akışı çalıştırmalarını yönetme | Çalıştırma raporları oluşturma, geçmiş çalıştırmaların geçmişini inceleme ve eski work dizinlerini temizleme | 10 dk |
| Bölüm 4: Uzak pipeline'ları çalıştırma | Bir pipeline'ı doğrudan GitHub'dan çalıştırma ve belirli bir revizyona sabitleme | 10 dk |
Bu kursun sonunda, bilimsel hesaplama ihtiyaçlarınız için tekrar üretilebilir iş akışlarını çalıştırma yolculuğunuzdaki sonraki adımları atmaya hazır olacaksınız.
Kursu almaya hazır mısınız?