Kurs özeti¶

Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Nextflow Run eğitim kursunu tamamladığınız için tebrikler! 🎉

Yolculuğunuz¶

Çok temel bir iş akışı ile başladınız ve onu çalıştırmayı ve çıktılarını bulmayı öğrendiniz. Ardından, bu pipeline'ın giderek daha gerçekçi versiyonlarını çalıştırdınız: bir CSV dosyasından birden fazla girdiyi paralel olarak işlediniz, tamamlanan işleri atlamak için -resume kullandınız ve bir pipeline'ın bağımlı olduğu yazılımları yönetmek için konteynerlardan yararlandınız. Sonra, nextflow.config ve profiller kullanarak bir pipeline'ın yapılandırmasını nasıl özelleştireceğinizi ve çıktıların nereye ve nasıl yayımlanacağını nasıl kontrol edeceğinizi öğrendiniz. Bunun ardından, yürütme raporları oluşturmayı, geçmiş çalıştırmaların geçmişini incelemeyi ve eski work dizinlerini temizlemeyi öğrendiniz. Son olarak, pipeline'ları GitHub gibi uzak depolardan doğrudan nasıl çalıştıracağınızı öğrendiniz.

Kazanılan beceriler¶

Bu uygulamalı kurs sayesinde şunları öğrendiniz:

Nextflow iş akışını yerel olarak başlatma ve çıktılarını bulma
Birden fazla girdiyi paralel olarak işleyen çok adımlı bir pipeline çalıştırma
Tamamlanan işleri tekrarlamamak için -resume kullanma
Yazılım bağımlılıklarını yönetmek için konteynerlar kullanma
nextflow.config ve profiller kullanarak pipeline'ları yapılandırma
Çıktıların nereye ve nasıl yayımlanacağını özelleştirme
-with-report ile HTML yürütme raporu ve -with-timeline ile yürütme zaman çizelgesi oluşturma
nextflow log ile geçmiş çalıştırmaların geçmişini inceleme
nextflow clean ile eski work dizinlerini temizleme
Bir pipeline'ı uzak bir depodan doğrudan çalıştırma ve tekrarlanabilirlik için belirli bir revizyona sabitleme (ve sabitlemeyi geri alma)

Artık mevcut Nextflow pipeline'larını kendi çalışmanıza entegre etmeye başlamak için temel bilgilerle donatıldınız.

Becerilerinizi geliştirmek için sonraki adımlar¶

Sırada ne yapacağınız için en iyi önerilerimiz:

Configure Execution ile pipeline yapılandırmasını daha ayrıntılı keşfedin
Use nf-core ile nf-core topluluk pipeline'larını çalıştırmayı öğrenin
Scale with Seqera ile pipeline'ları büyük ölçekte başlatın ve izleyin

Ya da yalnızca Nextflow çalıştırmaktan öteye geçmeye hazırsanız, Hello Nextflow ile bir Nextflow geliştiricisi olun.

Yardım alma¶

Yardım kaynakları ve topluluk desteği için Yardım sayfasına bakın.

Geri bildirim anketi¶

Devam etmeden önce, lütfen kurs anketini doldurmak için bir dakikanızı ayırın! Geri bildirimleriniz, eğitim materyallerimizi herkes için iyileştirmemize yardımcı olur.

Ankete katıl