nf-core Kullanımıcourse¶

Kurs Özeti

Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

nf-core Kullanımı, nf-core topluluk pipeline'larını bulmaya, çalıştırmaya ve yapılandırmaya yönelik uygulamalı bir giriş kursudur.

Pratik örnekler ve rehberli alıştırmalar üzerinden çalışarak nf-core pipeline'larını bulmayı ve indirmeyi, yerleşik test profilleri kullanarak çalıştırmayı ve parametreler ile yapılandırma dosyaları aracılığıyla çalıştırmayı özelleştirmeyi öğreneceksiniz.

Bu kursu tamamladığınızda, kendi analizleriniz için nf-core pipeline'larını çalıştırmaya başlayacak beceri ve özgüvene sahip olacaksınız.
Ek Bilgiler

Teknik Gereksinimler

Bir GitHub hesabına VEYA yerel bir Nextflow kurulumuna ihtiyacınız olacak. Daha fazla ayrıntı için Ortam seçenekleri sayfasına bakın.
Öğrenme Hedefleri
- nf-core topluluk pipeline'larını bulun, indirin ve çalıştırın
- Parametreler ve yapılandırma dosyaları kullanarak pipeline çalıştırmasını yapılandırın
- nf-core pipeline'larının parametreleri ve girdi verilerini nasıl doğruladığını anlayın
- Üretim ölçeğinde bir pipeline (nf-core/rnaseq) çalıştırın ve varsayılan kaynak tahsislerini geçersiz kılın
Hedef Kitle ve Ön Koşullar
- Hedef Kitle: Bu kurs, yerel Nextflow pipeline'larını nasıl çalıştıracağını bilen ve nf-core'a yeni olan, mevcut topluluk pipeline'larını çalıştırmak isteyen öğrenciler için tasarlanmıştır.
- Beceriler: Komut satırına, temel betik yazma kavramlarına ve yaygın dosya formatlarına belirli düzeyde aşinalık varsayılmaktadır.
- Kurslar: Nextflow Run kursunu tamamlamış olmanız ya da nextflow run ile yerel bir pipeline çalıştırma konusunda rahat olmanız gerekmektedir.
- Alan: Alıştırmalar biyoinformatik pipeline'ları kullanmaktadır; ancak önceden bilimsel alan bilgisi gerekmemektedir.

Kursa genel bakış¶

Bu kurs uygulamalıdır; bilgiyi kademeli olarak tanıtmak üzere yapılandırılmış, hedefe yönelik alıştırmalar içermektedir.

Eğitim amaçlı nf-core projesi tarafından sürdürülen minimal bir pipeline olan nf-core/demo ile başlayacak, ardından öğrendiklerinizi toplu RNA dizileme analizi için yaygın olarak kullanılan bir üretim pipeline'ı olan nf-core/rnaseq'e uygulayacaksınız.

Bu kurs, pipeline çalıştırmaya odaklanmaktadır. nf-core uyumlu pipeline geliştirmeye giriş arıyorsanız Build with nf-core sayfasına bakınız.

Ders planı¶

Kurs bölümü	Özet	Tahmini süre
Bölüm 1: Demo pipeline çalıştırma	Bir nf-core pipeline'ı bulun, indirin ve test profili kullanarak çalıştırın	20 dakika
Bölüm 2: Pipeline çalıştırmasını yapılandırma	Parametreleri ayarlayın, doğrulamayı anlayın ve kaynak tahsisi ile araç argümanlarını özelleştirin	20 dakika
Bölüm 3: Üretim pipeline'ı çalıştırma	nf-core/rnaseq'i indirin ve çalıştırın; varsayılan kaynak tahsislerini geçersiz kılın	20 dakika

Bu kursun sonunda nf-core projesinin sunduğu zengin topluluk pipeline'larından yararlanabileceksiniz.

Kursa başlamaya hazır mısınız?

Öğrenmeye başlayın