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भाग 1: वेब इंटरफ़ेस से पाइपलाइन लॉन्च करना

AI-सहायता प्राप्त अनुवाद - अधिक जानें और सुधार सुझाएं

Scale with Seqera प्रशिक्षण कोर्स के इस भाग में, तुम Seqera Platform तक पहुँच सेट अप करोगे और वेब इंटरफ़ेस से एक प्रोडक्शन-स्केल पाइपलाइन लॉन्च करोगे।

सुनिश्चित करो कि तुम्हारी working directory seqera-scale/ पर सेट है, जैसा कि शुरू करना पेज पर बताया गया है।

1. Seqera के साथ शुरू करना

Seqera, Nextflow पाइपलाइन लॉन्च करने, मॉनिटर करने और मैनेज करने के लिए एक व्यापक प्लेटफ़ॉर्म प्रदान करता है। यह सेक्शन तुम्हें साइन अप करने और अपनी पहली पाइपलाइन चलाने से पहले प्लेटफ़ॉर्म से परिचित होने में मदद करेगा।

1.1. एक मुफ़्त अकाउंट के लिए साइन अप करो

cloud.seqera.io पर जाओ और एक मुफ़्त अकाउंट बनाओ। तुम अपने ईमेल पते, GitHub, या Google क्रेडेंशियल्स का उपयोग करके साइन अप कर सकते हो।

एक मुफ़्त अकाउंट तुम्हें देता है:

  • Personal workspace: पाइपलाइन जोड़ने, compute वातावरण कॉन्फ़िगर करने और रन मैनेज करने के लिए तुम्हारी अपनी जगह
  • Community Showcase तक पहुँच: nf-core और कम्युनिटी पाइपलाइन का एक क्यूरेटेड संग्रह, जिसमें पहले से कॉन्फ़िगर की गई सेटिंग्स और उदाहरण रन डेटा है

अकाउंट टियर और उपलब्ध फ़ीचर्स का पूरा अवलोकन देखने के लिए Seqera दस्तावेज़ीकरण देखो।

1.2. Community Showcase एक्सप्लोर करो

अपनी खुद की पाइपलाइन लॉन्च करने से पहले, Community Showcase एक्सप्लोर करने के लिए कुछ मिनट निकालो। यह तुम्हें वास्तविक पाइपलाइन और डेटा के साथ प्लेटफ़ॉर्म का एक यथार्थवादी पूर्वावलोकन देता है।

  1. cloud.seqera.io पर लॉग इन करो।
  2. बाईं साइडबार में, Showcase पर क्लिक करो।
  3. उपलब्ध पाइपलाइन ब्राउज़ करो — तुम Use nf-core कोर्स से कई nf-core पाइपलाइन पहचानोगे।
  4. किसी पाइपलाइन पर क्लिक करो और उसकी कॉन्फ़िगरेशन और लॉन्च सेटिंग्स देखो।
  5. Runs पर क्लिक करो और उदाहरण रन हिस्ट्री एक्सप्लोर करो, जिसमें टास्क-स्तरीय विवरण और पिछले executions की रिपोर्ट शामिल हैं।

यह एक read-only व्यू है, लेकिन यह तुम्हें दिखाता है कि इंटरफ़ेस कैसे काम करता है, इससे पहले कि तुम खुद कुछ चलाओ।

1.3. Compute के साथ एक workspace तक पहुँचो

पाइपलाइन लॉन्च करने के लिए एक कॉन्फ़िगर किए गए compute वातावरण वाले workspace की ज़रूरत होती है।

Seqera compute प्रदान करने के दो तरीके सपोर्ट करता है:

  • अपना खुद का इन्फ्रास्ट्रक्चर कनेक्ट करो: AWS, Azure, Google Cloud, और HPC schedulers (SLURM, LSF, PBS, और अन्य)। सेटअप गाइड के लिए compute वातावरण दस्तावेज़ीकरण देखो।
  • Seqera Compute: एक managed service जो AWS पर पहले से प्रोविज़न किए गए compute वातावरण प्रदान करती है, शुल्क के साथ, बिना किसी cloud अकाउंट सेटअप की ज़रूरत के। तुम इसे सीधे अपनी workspace सेटिंग्स से एक्टिवेट कर सकते हो।

ग्रुप प्रशिक्षण: अगर तुम किसी ग्रुप प्रशिक्षण सत्र में भाग ले रहे हो, तो तुम्हें किसी ऐसे organization और workspace में जोड़ा गया हो सकता है जिसमें पहले से compute कॉन्फ़िगर है। तुम्हारे इंस्ट्रक्टर तुम्हें organization का नाम, workspace का नाम, और जो भी अन्य विवरण चाहिए वो देंगे।

स्वतंत्र रूप से काम करना: अगर तुम यह प्रशिक्षण खुद से कर रहे हो, तो तुम्हें ऊपर दिए गए विकल्पों में से किसी एक का उपयोग करके अपने personal workspace में एक compute वातावरण सेट अप करना होगा। Seqera Compute आज़माने के लिए मुफ़्त क्रेडिट अनुरोध पर उपलब्ध हैं।

नोट

इस कोर्स का बाकी हिस्सा मानता है कि तुम्हारे पास एक कॉन्फ़िगर किए गए compute वातावरण वाले workspace तक पहुँच है। अगर तुम किसी ग्रुप प्रशिक्षण सत्र में हो, तो तुम्हारे इंस्ट्रक्टर पुष्टि करेंगे कि कौन सा workspace और compute वातावरण उपयोग करना है।

सारांश

तुम्हारे पास एक Seqera अकाउंट है, तुमने Community Showcase एक्सप्लोर किया है, और तुम compute के साथ एक workspace तक पहुँचने में सक्षम हो।

आगे क्या है?

Seqera Cloud वेब इंटरफ़ेस से एक प्रोडक्शन-स्केल RNA-seq पाइपलाइन लॉन्च करो।

2. वेब इंटरफ़ेस से nf-core/rnaseq लॉन्च करना

जैसा कि Use nf-core में बताया गया है, nf-core/rnaseq पाइपलाइन bulk RNA sequence डेटा विश्लेषण के लिए एक कम्युनिटी-क्यूरेटेड पाइपलाइन है।

इस सेक्शन में, तुम पाइपलाइन को अपने workspace में जोड़ोगे, एक रन लॉन्च करोगे, और उसके execution को मॉनिटर करोगे।

2.1. पाइपलाइन को अपने workspace में जोड़ो

सुविधाजनक रूप से, nf-core/rnaseq क्यूरेटेड पाइपलाइन के एक संग्रह का हिस्सा है जिसे Seqera Pipelines सेवा के माध्यम से कुछ क्लिक में तुम्हारे workspace में जोड़ा जा सकता है।

हम तुम्हें बाद में इस कोर्स में अपनी खुद की पाइपलाइन जोड़ना दिखाएंगे।

  1. कम्युनिटी संग्रह ब्राउज़ करने के लिए Seqera Pipelines पर जाओ।
  2. rnaseq खोजो और nf-core/rnaseq चुनो।
  3. Launch Pipeline पर क्लिक करो या पेज के नीचे Launch Pipeline सेक्शन तक स्क्रॉल करो।
  4. सुनिश्चित करो कि तुम लॉग इन हो और Organizations, Workspace और Compute Environment ड्रॉपडाउन मेनू से उचित मान चुनो। ग्रुप के लिए सुझाव: अगर तुम एक shared workspace उपयोग कर रहे हो, तो पाइपलाइन के नाम में एक अद्वितीय पहचानकर्ता (जैसे तुम्हारा username) जोड़ो।
  5. Add pipeline to your Seqera account पर क्लिक करो।

एक बॉक्स दिखाई देगा जिसमें संदेश होगा: Pipeline added: View Pipeline। लिंक पर क्लिक करने से तुम अपने launchpad में पाइपलाइन एंट्री पर पहुँच जाओगे।

पाइपलाइन अब तुम्हारे workspace के Launchpad पैनल में सूचीबद्ध है और लॉन्च के लिए तैयार है।

2.2. पाइपलाइन लॉन्च करो

पाइपलाइन का Launch बटन क्लिक करो, या तो Launchpad पैनल में या पाइपलाइन विवरण पेज पर। यह कॉन्फ़िगरेशन इंटरफ़ेस खोलता है।

पाइपलाइन पहले से test प्रोफ़ाइल के साथ कॉन्फ़िगर है, इसलिए इनपुट डेटा, आउटपुट डायरेक्टरी, और genome संदर्भ पहले से भरे हुए हैं। अभी के लिए बाकी पैरामीटर और advanced सेटिंग्स को नज़रअंदाज़ कर सकते हो।

रन वास्तव में शुरू करने के लिए नीले Launch बटन पर क्लिक करो।

2.3. Execution मॉनिटर करो

लॉन्च करने के बाद, तुम्हें अपनी पाइपलाइन के Runs पैनल पर ले जाया जाएगा।

रन व्यू दिखाता है:

  • Status: रन की वर्तमान स्थिति (submitted, running, succeeded, failed)
  • Command line: वह सटीक nextflow run कमांड जो Platform ने बनाई और submit की
  • Parameters: इस रन के लिए उपयोग किए गए सभी पैरामीटर मान
  • Tasks: हर प्रोसेस कॉल की एक टेबल, जिसमें स्थिति, अवधि, और संसाधन उपयोग है

किसी भी टास्क की पंक्ति पर क्लिक करो और उसके execution विवरण देखो, जिसमें शामिल हैं:

  • वह .command.sh स्क्रिप्ट जो चलाई गई
  • stdout और stderr लॉग
  • CPU, memory, और I/O मेट्रिक्स

Reports टैब रन पूरा होने के बाद एक MultiQC रिपोर्ट दिखाएगा, जो सभी नमूनों में quality control मेट्रिक्स को एकत्रित करती है।

इसे चलने में थोड़ा समय लगेगा, इसलिए हम अभी आगे बढ़ेंगे और बाद में आउटपुट वगैरह देखने के लिए वापस आएंगे।

सारांश

तुम जानते हो कि Seqera workspace में पाइपलाइन कैसे जोड़ें, रन कॉन्फ़िगर और लॉन्च करें, और स्केल पर execution मॉनिटर करें।

आगे क्या है?

भाग 2 पर जाओ, जहाँ तुम सीखोगे कि tw CLI का उपयोग करके कमांड लाइन से यह सब कैसे करें।

सारांश

इस भाग में तुमने सीखा:

  • Seqera अकाउंट के लिए साइन अप करना और Community Showcase एक्सप्लोर करना
  • क्यूरेटेड कैटलॉग से पाइपलाइन जोड़ना, प्रोडक्शन-स्केल रन लॉन्च करना, और execution मॉनिटर करना