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nf-core का उपयोग करेंcourse

  • कोर्स सारांश

    AI-सहायता प्राप्त अनुवाद - अधिक जानें और सुधार सुझाएं

    Use nf-core, nf-core कम्युनिटी पाइपलाइन खोजने, चलाने और कॉन्फ़िगर करने का एक व्यावहारिक परिचय है।

    व्यावहारिक उदाहरणों और guided अभ्यासों के माध्यम से, तुम nf-core पाइपलाइन खोजना और प्राप्त करना, उन्हें उनके built-in test profiles का उपयोग करके चलाना, और पैरामीटर व कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइलों के ज़रिए उनके execution को customize करना सीखोगे।

    तुम अपने खुद के analyses के लिए nf-core पाइपलाइन चलाना शुरू करने के लिए ज़रूरी कौशल और आत्मविश्वास लेकर जाओगे।

  • अतिरिक्त जानकारी

    तकनीकी आवश्यकताएँ

    आपको एक GitHub खाता या Nextflow का लोकल इंस्टॉलेशन चाहिए होगा। अधिक जानकारी के लिए वातावरण विकल्प देखें।

    सीखने के उद्देश्य
    • nf-core कम्युनिटी पाइपलाइन खोजना, प्राप्त करना और चलाना
    • पैरामीटर और कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइलों का उपयोग करके पाइपलाइन execution को कॉन्फ़िगर करना
    • यह समझना कि nf-core पाइपलाइन पैरामीटर और इनपुट डेटा को कैसे validate करती हैं
    • एक production-scale पाइपलाइन (nf-core/rnaseq) चलाना और उसके डिफ़ॉल्ट resource allocations को override करना
    लक्षित दर्शक और पूर्वापेक्षाएँ
    • दर्शक: यह कोर्स उन लोगों के लिए है जो पहले से local Nextflow पाइपलाइन चलाना जानते हैं और nf-core में नए हैं, और मौजूदा कम्युनिटी पाइपलाइन चलाना चाहते हैं।
    • कौशल: कमांड लाइन, बेसिक scripting अवधारणाओं और सामान्य फ़ाइल फ़ॉर्मेट से कुछ परिचय होना ज़रूरी है।
    • कोर्स: Nextflow Run पूरा किया होना चाहिए या nextflow run के साथ local पाइपलाइन चलाने में सहज होना चाहिए।
    • डोमेन: अभ्यासों में bioinformatics पाइपलाइन का उपयोग किया गया है, लेकिन किसी वैज्ञानिक डोमेन ज्ञान की आवश्यकता नहीं है।

कोर्स का अवलोकन

यह कोर्स व्यावहारिक है, जिसमें goal-oriented अभ्यास हैं जो जानकारी को धीरे-धीरे प्रस्तुत करते हैं।

तुम nf-core/demo से शुरू करोगे, जो nf-core प्रोजेक्ट द्वारा प्रशिक्षण उद्देश्यों के लिए maintained एक minimal पाइपलाइन है, फिर जो सीखा है उसे nf-core/rnaseq पर लागू करोगे — जो bulk RNA sequencing analysis के लिए एक widely-used production पाइपलाइन है।

यह कोर्स पाइपलाइन चलाने पर केंद्रित है। अगर तुम nf-core-compatible पाइपलाइन develop करने का परिचय ढूंढ रहे हो, तो Build with nf-core देखो।

पाठ योजना

कोर्स अध्याय सारांश अनुमानित समय
भाग 1: एक demo पाइपलाइन चलाएं एक nf-core पाइपलाइन खोजें और प्राप्त करें, और उसे test profile का उपयोग करके चलाएं 20 मिनट
भाग 2: पाइपलाइन execution को कॉन्फ़िगर करें पैरामीटर सेट करें, validation समझें, और resource allocation व tool arguments को customize करें 20 मिनट
भाग 3: एक production पाइपलाइन चलाएं nf-core/rnaseq को pull और run करें, और उसके डिफ़ॉल्ट resource allocations को override करें 20 मिनट

इस कोर्स के अंत तक, तुम nf-core प्रोजेक्ट द्वारा प्रदान की जाने वाली कम्युनिटी पाइपलाइन की विशाल संपदा का लाभ उठाने में सक्षम हो जाओगे।

क्या तुम कोर्स शुरू करने के लिए तैयार हो?

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